福楼拜的历史传奇小说同样富有创意。如果说他以当代生活为题材的小说大量描绘了资产阶级社会平庸的现实，那么他的历史传奇小说则大大补偿了他内心深处对激情的爱好；如果说他描摹现实的作品强调简单、平实、色彩浅淡，几乎酷似日常生活，那么历史传奇的题材则允许他浓墨重彩、极尽渲染铺陈之能事。当然，福楼拜的叙事方式依然是客观、冷静的，作品的主题和作者的思想依然模糊而且隐蔽。但由于题材与现实生活拉开了距离，给作者的想象力提供了广阔的活动空间，使福楼拜那种天马行空般的丰富想象得以自由驰骋，所以他的历史小说在风格上带有较多的浪漫成分，色彩更浓烈绚丽，场景更富异域情调、情节也更惊心动魄。不过福楼拜丝毫不想背叛他的“科学性”原则，他写历史小说如同考古家发掘古迹，调查考证不厌其详。为写《萨朗波》，他曾查阅九十余种有关迦太基的文献资料，写了无数笔记，且实地考察了北非的迦大基遗址。尽管《萨朗波》的故事情节纯属虚构，但他要求全部情景描写无懈可击。他像考古家复制一座古城那样，在《萨朗波》中尽可能精确地再现了公元前三世纪的名城迦太基，连同它的城池、房屋、服装、器皿，它的社会风习、宗教礼仪……历史上仅有筒单记述的雇佣军起义，在福楼拜笔下又复原了其动人心魄的恢宏气势。古代奴隶社会的种种文明与野蛮、奴隶主的骄奢淫逸、奴隶们非人的生活处境、奴隶主和奴隶之间的生死斗争、惨烈残忍而又慷慨悲壮的战争场面……由于有神秘的月神纱帔和绝色美女萨朗波的爱情奥秘加以点染，更显得光怪陆离、七彩斑斓。显然，没有作家奉富的想象加以补充，仅靠史料是产生不了这样的艺术效果的。
有人形容《萨朗波》一书，犹如玲珑剔透的古玩，其艺术上的完整与精美，几乎无可挑剔。特别是群体活动的场景，如史诗般波澜壮阔、雄浑遒劲，令人叹为观止。《萨朗波》中的人物塑造，有史诗人物轮廓鲜明的特色，却远比史诗人物丰富复杂。尽管塑造古人形象在心理描写方面有很大难度，但几个主要人物(如迦太基主帅哈米尔卡尔、雇佣军的核心人物史本迪于斯和马托)仍刻画得鲜活生动、血肉丰满，像现代典型一样具有多层面的性格。不过萨朗波却不是一个现实的典型，而是某种观念的化身，代表着迦太基人的月神崇拜。她生活在深宫内院，接受纯粹的宗教教育，终日祈祷，不谙世事。马托的出现，打破了她的平静，令她下意识地产生了青春萌动时期的躁动不安，她只身潜入敌人营帐，索回月神纱帔，却同时发现了人性，失去了信仰，从此内心深处再也抹不掉马托的身影。她以为自己恨马托，而在她的大婚之日，当她眼见血肉模糊的马托被迦太基人折磨至死，精神上却无法承受如此强烈的刺激，终于倒地身亡。福楼拜虚构这样一个笼着神秘纱帔的准爱情故事，穿插在这场血肉横飞的战争中，显然是出于艺术上的需要。很难设想若缺少这个故事，这部小说还能否具有如此诱人的色彩和诗意。
萨朗波的这段故事中，颇值得分析的是月神祭司沙哈巴兰的形象。这位迦太基首屈一指的学者，从小献身于月神的可怜阉人，他是月神的祭司，却暗恨月神使他失去了人的权利。由此造成心理的畸变。他爱萨朗波，却又嫉恨她，他因不可能得到她而想毁掉她，便撺掇她去敌营索回纱帔。然而计划实现后，他陷入更深的痛苦和仇恨，仿佛是旁人侵犯了他、背叛了他、夺去了他之所爱。于是他背弃月神而皈依日神，最后像疯子一样向马托施行报复。显然，萨朗波及其老师沙哈巴兰信仰的动摇，不言自明地挑战了神灵的统治，呼吁了人性的复归。作者心中无处不在的怀疑精神，又一次在作品中得到表现。
同样，隐修士传说《圣安东尼的诱惑》一书，与其说是通过谱写圣安东尼战胜魔鬼诱惑的事迹歌颂基督的伟大，不如说是在客观叙述的掩盖下，检阅人类五花八门的信仰、主张，暴露出种种“真理”的相对性乃至谬误。这部小说可能引起的指控，作者心中完全有数，因而迟迟不敢发表。一八七四年出版时，屠格涅夫本拟介绍到俄国，沙皇的审查机构果然以反宗教的罪名禁止此书在全俄出版。其实福楼拜并不否定信仰，因为信仰可以成为启发人类良知的一种精神力量。但他厌恶所有的宗教教义，更不承认何种宗教能代表惟一的真理。在他看来，不拘哪种宗教，上帝都不应成为外在于人的统治力量，而只应存在于每个人的内心世界。在《圣安东尼的诱惑》这部对话体的小说里，圣者安东尼像浮士德一样接受了魔鬼的指引，探索了宇宙万象，他感受一切、体验一切、认识一切，最后战胜了自己一切物质的或精神的欲望，返回到自己内心的信仰中。
《三故事》中的《圣朱利安传奇》和《希罗迪娅》亦以基督教传说为题材。前者描述朱利安为补赎误杀父母的罪孽，苦修积德、终成正果的坎坷经历；后者取自施洗者约翰被害的故事。两篇小说篇幅都不长，但写得有声有色、极富韵致，艺术上的精美、完整，足可与《萨朗波》媲美。而福楼拜显然曾竭尽努力，使之避免与《萨朗波》的格调雷同。在《圣朱利安传奇》中，作者突出了朱利安和命运的搏斗：他第一次离家出走，浪迹天涯，到处建功立业，为的是使灵兽的诅咒不得应验；然而正当他功成名就，成为驸马，决心永不再开杀戒，从此安度宁静的和平生活之时，他却没能抵抗住狩猎的诱惑，结果酿成大祸。第二次出走，是在承认自己罪无可赦，当遭天谴的情况下，决心抛弃富贵荣华，苦修自惩，坚持行善积德，终于改变命运，获耶稣超度，进入天国。因而朱利安的失败，与其说是败于宿命，不如说是败于未能战胜自己；而后来之所以能升入天国，原因也在于取得了对自己的胜利。
莫泊桑认为《圣朱利安传奇》在艺术上无懈可击，居《三故事》之冠。史学家兼文艺批评家泰纳则将《希罗迪娅》视为《三故事》中最重要的杰作，因为这篇小小的作品高度概括地展示了耶稣创教的社会历史背景，剖析了当时错综复杂的社会矛盾及基督教产生的根源，生动地再现了两千年前的社会风习和人情世态。应当承认，短篇小说像《希罗迪娅》这样拥有如此丰富的历史内容，的确是不多见的。作者敏锐地抓住了人类文明史上这一关键时刻的主要特征：一方面，罗马势力的扩张迫使犹太奴隶主贵族屈服于外力的统治；另方面，尚处于弱势的基督教已开始显示出广泛的群众基础和强劲的发展势头，藩王希罗特害怕结怨于民，不肯下令杀害施洗者约翰；阴狠刻毒的藩后希罗迪娅却早已设下美人计，只待生日宴会酒酣耳热，便抛出她的秘密武器。莎乐美的出场，是本篇的华彩片段，随着东方美女的婆娑起舞，全场为之眼花缭乱、心醉神迷。藩王完全为美色所俘虏，立刻许诺满足她一切愿望，哪怕是索取他的半壁江山。“把约喀南的头给我!”莎乐美喊道。希罗迪娅的计划实现了!应验了约喀南自己的预言：他必兴旺，我应衰微。小说结尾时旭日东升，三个信徒捧着约喀南的头颅，朝加利利方向走去，象征耶和华为耶稣所取代，耶稣的时代即将到来。