成吉思汗分封完千户、万户之后，第一件大事就是着手怯薛军即护卫军的扩充和建设。早年成吉思汗曾委任自己的那可儿充当侍卫和宿卫。后来，成吉思汗越来越意识到这支队伍的重要性。便命令从千户、百户官的子弟，老自由民的子弟中，挑选有技艺、身体健康的1000名勇士充当护卫。这支护卫军，平时护卫大汗宫帐，保卫成吉思汗的安全，战时由成吉思汗统领，冲锋陷阵。蒙古国建立后，成吉思汗深感怯薛军在十几年的征服战争中的重要作用，对部将说：“以前，我只有80人做宿卫，70人做侍卫。现在，上天让草原各部归属我管，我要从各万户、千户、百户中挑选有技艺、身强体壮、身材端好的优秀子弟，在我跟前工作。”成吉思汗亲自确定编制：宿卫由80人增至1000人，分作4队，轮流执勤。箭筒士由400人增至1000人，侍卫由70人扩充到8000人，分为8队，听命行事。同时还规定，这些护卫必须根据规定带其弟弟或伴当候补到怯薛军中去。
这一规定不仅可以作为后备军增强这支军队的实力和战斗力，而且又可以把这些官人的子弟当作“质子”，以利于大汗了解和控制外出征战的各级官员而使其自觉自愿、忠心耿耿地为大汗效力。对于侍卫军首领的任命，成吉思汗经过长期的考察，挑选和任命了博尔忽、博尔术、木华黎、赤老温、术赤台、阿儿孩合撤儿等有胆有识、英勇善战、历经战争考验、荣立卓著战功的亲信来担任怯薛军的指挥官，成吉思汗说：“这些做我护卫的人，以后做大中军者。”这支大中军的万户长就是纳牙阿。
怯薛军是由大汗直接统领的一支特别的军队，按成吉思汗的规定，其任务主要有3个方面：第一是保卫大汗及汗廷的安全。第二是“战时在前为勇士”，充当大汗亲自统领的作战部队，在其指挥下冲锋陷阵，打硬仗苦仗。第三是分管汗廷的各种事务，如厨师、掌酒、典车马、奏乐等。因此可以说，这支部队是成吉思汗的亲军。它既是一个分管中央日常事务的行政组织，又是成吉思汗对内镇压旧贵族的复辟、制约各级指挥官的行动，对外进行略夺和扩张战争的强有力的工具。它已发展成为蒙古国家中枢宠大的统治机构。
成吉思汗还规定，怯薛军在法律上有着优越的地位，享有各种特权。怯薛军成员的地位要高于在外的千户官，在外的千户官，如果与正在执行护卫任务的怯薛军成员发生冲突，要归罪于千户长。勇士一经选入怯薛军，便可免除差发杂役，调往部队时，一般能担任重要的官职，其家人的地位要在外出百户长之上。
因此怯薛军的成员及其家属，均有崇高的荣誉感、责任感和重大的使命感。绝对忠于大汗，为大汗抛头颅、洒热血。