康熙十年朱国治复起，被任为云南巡抚。惟一的原因，即由于朱国治以汉人而忠于满洲，为政苛峻。如果对吴三桂采取强硬态度，则用他到云南去跟平西王周旋，是最理想的人选。康熙十二年冬，吴三桂举兵，朱国治首先被害，刘健《庭闻录》记：
“三桂召各官赴王府会议。中丞朱公率众往，贼党不候全害之，刃之下乃死，余皆被执。朱中丞…素为贼党切齿，三桂使其子飞骑传谕，不得轻杀，至则中丞已身首殊。”《研堂见闻杂记》谓朱国治被“提出开膛枭示”则恶之甚，言之亦过甚了。
以上所引叙，皆在证明康熙对吴三挂迟早必叛，已经料定。而防范惟恐不周，亦有事实可稽。表面上几大臣言官有公然奏劾吴三桂者，无不获谴，乃是故为安抚，以待谋定后动。其实，对吴三桂的动态，无时不在注意之中。内地入滇投靠吴三桂，以及吴三桂所遣亲信赴内地活动的情况，皆有密报到京。方以智的被祸，我的假设，即因以讹传讹，误认方以智为吴三桂的亲信，潜入安徽。可能为方光琛之子方学诗曾回徽州活动，而方孝标曾入滇献诗吴三桂，故误方学诗为“方学士”而方学士与方以智音似，满文奏折中汉人名字皆为音译，更易误会。
假设虽可大胆立论，但假设之能成立，必须经过逻辑的考验。逐次排除其不能者，至最后仅剩者，方能作为假设。今按康熙初年属于“谋反大逆”的案子，不外朱三太子的传闻，及三藩之乱。干连朱三太子的疑案甚多，且每与和尚有关，似与方以智的情况相近。但果为推戴朱三太子以起事复明，则方以智即或被诬，固与名节无损，方中通不必以死力争，一通道理已在前面谈过，无须多说。其次，谋反决非一人之事，干连必众，王夫之论族诛曾申明其义。而方以智一案不闻有他人牵连，孟心史先生《明烈皇殉国后纪》篇云：“东华录自康熙十二年始，屡破获朱三太子干连犯案，多不胜载。”是则方以智如干连朱三太子案，何以官书独无记载。凡此皆足证明，方以智与此类案件无关。
至于牵涉及于三藩之乱，如归罪于谋反大逆，则又分两种情况，一为事发的按问，一为事前的猜防。方以智案虽发于吴三桂举事之前，但吴三桂反形早著，康熙防堵甚严，已如前述，则诬指方以智为吴三桂亲信，潜入安徽等地活动，是很可能发生的事，但事必有因，或者方学诗确曾潜回徽州。行踪曾经广西，而又误传为“方学士”于是构陷者有意张冠李戴，指“方学士”为方以智，向广西巡抚马雄镇告密，因而移文安徽，逮捕方以智归案待质。
据《方以智晚节考》所录资料及方中通《题结粤难文》、《论交篇》两诗，案发后的情况如此：
一、发难于广西。论交篇《粤西题请讲再三》可证。
二、移文安徽，至桐城方家逮捕方以智，而方以智由幼子中履陪侍在青原。官疑方家藏匿以智，是故“吏卒操兵围宅，铃析达晓”而“道路汹涌，莫不咋指吐舌。在于人情、宾客、门人、故旧远害引避，固宜其然”（方中履《宗老臣梅先生七十序》）。则有几天的搜索，或者直至方以智被逮，方始撤围，皆可想而知。
三、桐城搜查不获，移文江西逮捕，此涉及三省的因由，情况非常单纯。
四、江西泰和富人萧孟藏方以智于复壁，其后乃由水路赴广西报案。此出于方以智自己的主张，或者他人所劝，则不得而知。但可确言者，方以智愿就复壁，绝非畏罪，而为不甘致礼于异族衣冠之前。惶恐滩自裁，亦为此意。当初披缁，大致亦为避免作清朝装束。
如上所述逮捕情况而言，凡稍知清朝司法制度者，皆可想像得到，方以智涉嫌的罪名虽异常严重，而案情固甚简单。因如案内述及方以智如何从事谋反的活动，则本人未获，家族必定被捕就审，借以侦讯方以智的一切。今观资料所载，方氏家族除中通愿同父生死，自甘投狱以外，固皆安然无恙。
然则案情简单到如何？就方中通两诗篇推断，不过查证一名字而已，大致广西原咨是：闻有安徽方学诗或方学士潜回活动，不知是否方以智？当案之初起，不明究竟自易涉张皇，所以“三省羽书急如箭”但其事本易于辨明，最清楚的是，方以智自顺治年间南归后，足迹即从未再到两粤滇黔，是故复壁之出，不过到广西“过堂”即可结无事。而方以智即因不甘生前受辱，故自裁于惶恐滩，以文信国自拟而明志全节。但官方则必报病故，因如报自杀则必欲追究其自杀之因，究系畏罪，或有其他凌虐致死情事，岂非自找麻烦？地方官纵不明此中诀窍，但司刑名的幕友则必如此办理。
于此可知，方以智自裁，地方官报病故，而案情亦原已明了，方以智与吴三桂无涉，与方学诗或方学士不过音声近似的误传，则此案实已不了而了。但案牍未结，所以方以智的灵柩不能归葬。因就司法的手续而论，或恐须开棺相验，以及查察当时的情况，灵柩须留置于原地。
疑问是案牍何以不结？此须就两个角度来看，在官方，案子已了，形式上的结与不结，无关宏旨，而所以不结者，因别有关碍。在方中通，则案牍不结，无正式官文书宣示方以智被诬，则各节不能昭雪，因而不肯出狱“怜我不肯脱罗网，委屈导我真缠绵”“非是不遵宛转之深情，乃深痛吾老亲之不测”不测者非生死不测，而是名节被污。
然则关碍为何？当康熙十年时，朝廷对吴三桂虽已有作最后制裁的决心，但表面仍作优容之状。方以智一案原为秘密防范措施中所发生的波澜，自不便公开其事。否则，便适足资吴三桂以口实，而道路流传，吴三桂将反，朝廷防制甚力，则影响民心，影响甚巨。至两年后“题结”已是康熙十二年七月，吴三桂踵尚可喜之后，自请移藩之时。廷议中康熙谕韦臣：“三桂蓄异志久，撤亦反，不撤亦反；不若及今先发，犹可制也。”濒临决裂阶段，无所顾忌，故方案不妨题结。
最后，要破释一个关键性的问题：何以方中通抵死要辨清其父与吴三桂无涉，更不会为吴三桂效任何奔走？此即因永历帝为吴三桂所杀，昆明五华山平西王府即为永历故宫。当三桂决意反清时，曾议出师之名，不可假借，刘健《庭闻录》云：
“三桂集请士议举兵之名。刘茂遐谓：‘明亡未久，人心思奋，宜立明后，奉以东征，老臣宿将，无不愿为前驱矣！’方光琛云：‘出关乞师，力不足也，此可解于明。永历已窜蛮夷中，必擒而杀之，此不可解矣！’”
由此可知，恢复明室的名义，连吴三桂的谋士亦知不可假借，可以想见明朝遗民对吴三桂的剿绝明后之深恶痛绝。方以智曾为永历拜为大学士，虽君臣之道不终，但名分既定，旧恩难忘，则与杀永历的吴三桂，其仇不共戴天。而谓之为竟为吴三桂所用，无异认贼做父，一生名节，尽皆扫地。此所以方中通如有人子之心，必不忍坐受坐视。而方中通所一再强调其父的志节，固不在反清而在存明，表其始终为尽忠明朝的遗臣。必明乎此，始知方以智所保的晚节何在？
方以智三子，皆学行醇谨。尤其难得的是，如邓石如所云：“方氏闺门所富文采”《清诗纪事》陈舜英条前记：
“陈舜英字玉佩，溧阳人，名夏第三女，适方中通，在顺治八年。撰《文阁诗选》一卷，有中通姊方御序。清言娓娓，如叙家常，不作议论，才女也。舜英诗亦超脱，惟触事兴悲，盖境遇使然。附其女如环如璧和章，婉约可诵。方氏闺门多富多采。方孟式妹维仪有《清芬阁集》七卷；方孔妻吴令仪有《秋佩居遗稿》一卷，最有名。”
按：朱竹《明诗综》录方维仪、方维则诗，记方维仪：“桐城人，大理卿大镇之女，嫡姚孙，再期而大，遂请大归守志，有《清芬阁集》。”方维则：“大理卿大铉之女，嫁生员吴绍忠，有《松茂阁集》。”又记：“方氏三节，一为孟式，字如耀，大理卿大镇之女，嫁山东布政使张秉文，济南城溃，同其夫殉节，赠一品夫人，有《纫兰阁集》；一为维仪，年十七而寡，寿八十有四；一为维则，十六而寡，寿八十有四。”此外《方以智晚节考》曾记中履妻张莹亦为才女。张莹即张秉文之侄；亦为康雍年间贵盛无比的张英的堂妹。
张秉文殉难事见明史《忠义传》，秉文有兄弟二，一名秉彝，即张英的父亲；一名秉贞，明朝崇祯四年进士，官至浙江巡抚。入清于顺治十年由兵部右侍郎调升刑部尚书，不久改兵部，死于顺治十二年。其女张莹即方中履的妻子。
张莹亦有诗集，而见称于乡党者，德胜于才，《方以智晚节考》引方中履《亡妻行略》述辛亥之祸云：
“君处之坦然不乱。与余书札往还，惟大节是砺。君最孝于母，至是绝不归宁！曲：‘吾生死方氏，岂跬步离哉！’”所以“坦然不乱”正因方以智之祸，罪嫌虽重，而情节固一剖即明，无所用其张皇。至于“绝不归宁”亦为避免株连及于母家之意。类似案情，最忌不可与言而言，势必揣测多端，反致纷扰而益难澄清，张莹跬步不离方氏，确为明哲之计。
方中通的岳父，亦为显贵，即清初南派的首脑溧阳陈名夏，已见前述。《清诗纪事初编》录其诗二首，皆为五律，第一首题为《闻乱》：
“烽火传来急，风生满目尘。何方为乐土？此地慰慈亲。患难寻常事，艰危疾病身。长安消息远，愁杀未归人。”
玩味此诗，乃甲申之变时所作。“未归人”者，其父名夏。陈名夏崇祯进士，官至户、兵两科都给事中。李自成破北京，降附，为阮大铖列入“顺案”以致不能南归，次年在大名降清。其时辗转流离，消息不通，家人不卜其存亡，所以舜英有此诗。清初南北两派，皆倚满人为重。陈名夏获罪，出于宁完我所劾，而论死则因“留发复衣冠，天下即太平”则究非良心已死者可比。如果阮大铖不因私嫌有意办“顺案”以排击东林、复社中人，则陈名夏可能南归隐居。小人行事，往往逼人为恶，而不能与人为善，类皆如是。