《壮悔堂文集》卷八《南省试策一》，有徐邻唐按语：
“是科为己卯，朝宗举第三人。放榜之前一夕，而副考以告正考曰：‘此生如以此策入彀，吾辈且得罪。’本房廖公国遴力争曰：‘果得罪，本房愿独任之。’正考迟回良久曰：‘吾辈得罪，不过降级罚薪而已。姑置此生，正所以保全之也。’朝宗遂落。今读其策，岂让刘蒉，千载一辙，良可叹也。”
正主考的意思是，取中侯方域，则磨勘试卷，侯方域将获重罪，是故斥落正所以保全。这个说法，可以成立。因为侯方域这篇策论中，对崇祯有极深刻的批评，试摘数段如下：
“所贵于甘德者，能临天下之谓也。虞书曰：‘临下以简。’而后世任数之主，乃欲于其察察以穷之。过矣！夫天下之情伪，盖尝不可以胜防；而人主恒任其独智，钩距探索其间，其偶得之也，则必喜于自用；其既失之也，必且展转而疑人。秉自用之术，而积疑人之心，天下岂复有可信者哉？”
这开头的一段，便是指崇祯察察为明之故，而非虚空鉴衡，骤作月旦，是有实例为根据的。
崇祯二年十二月，清太宗兵逼北京，宁远巡抚袁崇焕率师赴援。其先，俘获太监二人，清太宗付与汉军旗人高鸿中、鲍承先监收。高、鲍二人遵密计行事，据《清太宗实录》所载如此：
“坐近二人，故作耳语云：‘今月袁巡抚有密约，此事可立就矣！’时杨太监者，佯卧窃听，悉记其言…纵杨太监归。杨太监将高鸿中、鲍承先之言，详奏明帝，遂袁崇焕下狱。”
这完全是《三国演义》中“蒋干盗书”故事的翻版。事实上，清太祖时曾将《三国演义》译为满文，作为兵书。清太宗确为有心用此反间计，而居然奏效。孟心史先生对崇祯“竟堕此等下劣诡道，自坏万里长城”深致感叹。后入读史，尚有余憾，则在当时的侯方域，自更痛心疾首，所以在策论中痛切陈词如此。倘或中式，闱墨发刻，天下皆知，则谤讪君上，必有巨祸。是故“保全”之说，亦不可全视为遁词。
榜发下第，侯方域回家乡，与贾开宗等组织文社，名为“雪苑社”社友共六人。《李姬传》所谓“雪苑侯生”之雪苑，出处在此。
崇祯十四年，侯恂出狱而侯执蒲病故。这年李自成破南阳，围开封，侯方域奉父避难金陵。下一年归德沦陷，开封被围益急。其时在河南的官兵，以左良玉的实力比较雄厚，但跋扈不听节制，特起侯恂以兵部侍郎总管援汴官军，结果很不理想。侯方域《宁南侯传》：
“以司徒公代丁启睿督师，良玉大喜踊跃，遣其将金声桓率兵五千迎司徒公。司徒公既受命，而朝廷中变，乃命拒河援汴，无赴良玉军。良玉欲率其军三十万，觐司徒公于北河；司徒公知粮无所出…卒不得与良玉军会。未几，有媒孽之者，司徒公遂得罪。”
这段文章写得支离不明，所谓“朝廷中变”系指何事？左良玉拥兵三十万，侯恂可曾督促攻贼？皆无交代。此由于侯方域为亲者讳，隐略了一大段事实：其时侯恂尚未受代，开封前线，仍由丁启睿督师。官兵左良玉、虎大威、杨德政、方国安诸军，云屯于开封以南的朱仙镇，与贼垒相望。《明史纪事本末》载：
“启睿督诸军进战。良玉曰：‘贼锋方锐，未可击也。’启睿曰：‘汴围已急，岂能持久？必击之！’诸将咸惧，请诘朝战，良玉以其兵南走襄阳，诸军相次而走，督师营乱。”
明史《左良玉传》所记大致相同，而更为详晰：
“贼营西，官军营北。良玉见贼势盛，一夕拔营遁，众军望见皆溃。自成戒士卒，待良玉兵过，从后击之。官军幸追者缓，疾驰八十里。贼已于其前穿堑，深广各二寻，环绕百里；自成亲率众遮于后，良玉兵大乱，下马渡沟，僵仆溪谷中，趾其颠而过。贼从而蹂之，军大败。”
结果是“弃马骡万匹，器械无算，良玉走襄阳”其时侯恂在黄河北岸，崇祯命侯恂“拒河图贼”命左良玉“以兵来会”即由襄阳北上，仍回开封前线，而左良玉“畏自成迁延不至”于是九月间，李自成决河灌城，中州佳丽，尽付波臣，大堤弦管，与浊潮相呜咽了！
于此可知，《宁南侯传》所谓“流贼惮之，呼为左爷爷”有无其事，实成疑问。史实俱在，左良玉不能不负开封失陷的主要责任。而侯恂复起，对左良玉一无作用可言。侯方域所记，实皆粉饰之词。据明史《左良玉传》：“帝怒恂罢其官，不能罪良玉也。”则左良玉所报答于举主者，实所不堪。独怪侯方域犹为之曲曲回护，此中是何道理，很难索解。
左良玉自兵败后，即在长江上游劫盐船为活。崇祯十六年移兵九江，扬言缺粮，要就食金陵。一时人心惶惶，计无所出。南京兵部尚书熊明遇，便托侯方域以他父亲的名义，致函左良玉，劝阻南下。而阮大铖乘机报复，大放空气，说左良玉进兵，有侯方域作内应，打算借刀杀人！幸亏杨文骢报信，方得及时躲避。侯方域《癸未生金陵日与阮光禄书》叙其经过如下：
“昨夜方寝，而杨令君文骢叩门过仆云：‘左将军兵且来，都人汹汹。阮光禄扬言于清议堂，云子与有旧，且应之于内。子盍行乎？’仆乃知执事不独见怒，而且恨之，欲置之族灭而后快也…仆今已遭乱无家，扁舟短棹，措此身甚易。”据年谱记，侯方域“避于宜兴”是逃在陈贞慧家。甲申之变，复回金陵。这年秋天，陈贞慧被捕，是由侯方域“仓皇出兼金”托钱禧多方贿托，终以练国事的出大力，陈贞慧得以出狱。此为侯方域在《赠陈郎序》中所自道。
《赠陈郎序》又记：
“乙酉春正月，有王御史者，阮大铖意，上奏责浙直督府捕余。余时居定生舍，既就逮，定生为经纪其家事；濒行，送之舟中而握余手曰：‘子此行如不测，故乡又未定，此垒将安归乎？吾家世与子之祖若父，暨子之身，无不同者，今岂可不同休戚哉？盍以君幼女，妻我季子！’妻遂与陈夫人置杯酒，定约去。是时余女方三岁，陈郎方二岁尔！”
此为陈、侯于患难中缔姻的经过。其后两不相负，风义可佩。
其宜兴被逮以前，侯方域曾一度避在扬州史可法的大营。事迹可称者，只有替史可法拟复多尔衮书一事。多尔衮致史可法书，则出于李雯的手笔——李雯字舒章，青浦人，在明朝是秀才。入清为内阁中书舍人。在当时，此一职位相当于内阁学士，一时诏诰书檄，多出其手。龚芝麓誉之为“国士无满，名满江左”笔下原自不弱，以故代多尔衮所拟原书，纵不能胜于侯方域代史可法所拟的复书，至少亦是旗鼓相当。
自乙酉五月以后，侯方域奉父家居。其兄方夏于顺治三年成为满清第一科的进士，而侯方域已决心做明朝的遗民，无奈事与愿违。在多尔衮摄政期间，汉人在朝者，已形成南北之争。北则冯铨，南则陈名夏，等于前明阉与东林之争的延续。于是甘心终老于岩壑者亦不得安宁了。最显著的例子，是吴梅村的复出。
吴梅村在当年是江南士林的魁首，无论冯铨要拖人落水，还是陈名夏要引名士以自重，第一个看中的目标，都必然是吴梅村。而吴与另外一陈——犹如复社两张一般——当时朝中南派的首脑为两陈，江苏溧阳的陈名夏以外，浙江海宁的陈之遴是吴梅村的儿女亲家。两陈交荐，吴梅村在公私方面所受的压力甚重，终于不得不在顺治十年秋天，就征进京。“我本淮南旧鸡犬，不随仙去落人间”而被迫做了清朝的国子监祭酒。
在吴梅村复出之说甚嚣尘上时，侯方域曾致书规劝，论其“不可出者有三，而当世之不必其出者有二”吴梅村复书，慷慨自矢，表示“必不负良友”而终于复出。事实上侯方域亦有被迫应试之事，《年谱》载：
“顺治八年辛卯，公三十四岁。当事欲案治公，以及于司徒公者，有司趋应省试。方解。”又贾开宗所撰《本传》：
“方域豪迈多大略，少本有济世志…己卯举南省第三人，以策语触语黜。辛卯举豫省第一人，有忌之者，复斥不录。既不见用，乃放意声伎。”
年谱与本传所记，于侯方域的心迹，大相径庭，一则被迫，一则有用世之志，而以后者为较可信。
贾开宗为侯方域雪苑社友，侯方域称之为“贾三兄”撰传评文，交非泛泛，必不致厚诬侯方域的出处心迹。但作传记事，求信求雅，与子孙为先人作年谱，理当为亲者讳的情况不同。
今按：辛卯（顺治八年）侯方域应河南乡试，闱中所作策论五道！具载《壮悔堂文集》第八卷。其时顺治甫行亲政而尚未成年，故试策首以《勤于读书》为谏，计陈三事：《开经筵》、《亲儒臣》、《读汉书（文）》。第二策议礼，以为“人主居五帝三王之位，继五帝三王之道。治五帝三王之民，而欲废五帝三王之礼，是欲强天下以自为便利也，天下岂从之哉？”第三策论治道，应特重州县官；第四策论不可轻议治河；第五策论明赏罚，申明大法小廉之义。这五篇煌煌大文，确实下过功夫，既非一味颂圣，虚与委蛇，更未故违功令，意在被摈。如说并无用世之志，或者对满清仍持反感，实在用不着这样大卖气力。
如上持论，或不免过苛。衡诸侯方域后来的行迹，未始不以此举为悔，下一年治《壮悔堂》，又治《四忆堂》，皆曾作记。《四忆堂记》末段谓：
“或曰：‘然则子既以悔名其集，而以忆名其诗者，何也’？苟忆于昔，不必其悔；苟悔于今，不必其昔之忆。”曰：“诗三百篇，昔人发愤之所作也。余自念才弱，不能愤，聊以忆焉云尔。抑闻之，极则必复。忆之，忆之，所以悔也。”
侯方域的有《壮悔堂文集》，及《四忆堂诗集》，上记表面论时，实则论出处。“或曰”云之，即为质问：你要做清朝的官，就不必再念明朝；既念明朝，就不该“赴试猎官。”而侯方域对此质问，并没有明确的解释，只是自陈悔恨“忆之、忆之、所以悔也！”说得再明白都没有。最可玩味的是，人间“四忆”是哪四忆？侯方域的答复是自己都弄不清楚。他的说法是，诗歌“情迫气结，纵其所至，不循阡陌，即胸中时一念及，非不历历，及欲举而告之人，固已缠绵沉痛，十且乱其七八矣”！诗以写情，原有陶诗所谓“欲辨已忘言”的一种境界。但侯方域的四忆，胸中历历，只是不愿告人而已。所可断言者，此四忆中，必有陈贞慧与吴次尾的《留都防乱揭》及李香君的《桃花扇》在内。
从侯方域的遗作中去考察，有种种证据显示，辛卯乡试一举，痛悔失足，内心之抑郁自恨，较之吴梅村有过之无不及。而形之于文字吟咏者，则再三自道本心清白，若深恐人不信，致吴梅村书，劝其不可复出，固为变相的表示他决无意于做新贵！而最可玩味者，则为《致方密之书》，此书见《壮悔堂文集》“遗稿”侯方域于顺治九年治壮悔堂，编定文集。越二年下世，此两年中所作，由其同窗任元祥编为《遗稿》，附文集后，任序明言：“此侯子壮悔堂集成之后所作”亦即辛卯乡试以后所作。
按：方以智曾随永历入广西，而于顺治七年清兵陷广西平乐村时逃禅。《南疆绎史》云：“及大兵入，知其为粤臣，物色得之，令曰：‘易服则生，否则死；袍帽在左，白刃在右，惟自择。’乃辞左而受右，帅起为之解缚。谢之，听为僧，遂披缁去。”侯方域致方密之书，虽以其出家之事为发端“大喜故人相见之有期”而作书当在一两年，借衣喻意，其文如此：
仆与密之交游之情、患难之绪，每一触及，辄数日营营于怀。及至命笔，则益茫然，无从可道。犹忆庚辰，密之从长安寄仆浆丝之衣，仆常服之；其后相失，无处得密之音问，乃遂朝夕服之无敌。垢腻所积，色黯而丝驳，亦未尝稍解而汗濯之。以为吾非密之故也。
乙酉，丙戌后，装与今时不合，始不敢服；而薰而置诸上座，饮食寝息，恒对之欷。病妻以告仆曰：“是衣也，子之所爱；吾为子稍一裁剪而更之，以就时装，即可服矣。”仆急止曰：“衣可更也，是衣也。密之所惠，不可更也。吾他日幸而得见吾密之，将出其完好如初者以相示焉。”盖仆之所以珍重故人者如此。密之或他日念仆，而以僧服相遇，仆有方外室三楹，中种闽兰粤竹，上悬郑思肖画无根梅一轴，至今大有生气；并所藏陶元亮四宋以后诗篇，当共评玩之。
此文主旨，即在表明不忘旧，不愿迁就“时装”所谓“时装”者，是清朝的服饰，而方以智所赠的丝衣，为明朝的服装。“吾他日幸而得见吾密之，将出其完好如初者以相示”极道不负初心。末以郑所南，陶渊明自许，无异自誓毕生做遗民。文章作得很好，委婉尽致，含蓄甚深，但字里行间，不免有辟谣的意味。
侯方域的心事与吴梅村相同，论出处形迹，侯不如吴之显。但为新朝谋画及颂扬的文字，已传播于天壤之间而无所逃，百计思辩，终有着不得力处。其内心的痛悔，实过于吴。于顺治十一年十二月底，以三十七岁的壮年，遽尔下世，说他抑郁以终，或者贲恨以殁，皆无不可。嘉庆十九年，其裔孙资灿重刻《壮悔堂文集》，删落《豫省试策》及顺治九年所拟《拟上遗官致祭先师孔子阙里群臣谢表》等文，是深知乃祖心事而特为亲者讳。笔者今发三百载之覆，直抉侯公子当日心事，实所不忍，但《壮悔堂记》自言：“壮果能悔，其尚愈诸；犹但恐余之不能悔也！夫知过而能内自讼，君子许之。”则表白其痛悔，正所以彰贤者，或为泉下精灵所默许。
侯方域殁后，吴梅村过河南，有《怀古兼吊侯朝宗》七律一首：
“河洛风尘万里昏，百年心事向夷门。气倾市侠收奇用，策动宫娥报旧恩；多见摄衣称上客，几人刎颈送王孙？死生总负侯赢诺，欲滴椒浆泪满樽。”全用信陵君与侯嬴的故事，而“死生总负侯赢诺”一句，自注：“朝宗归德人，贻当约终隐不出；余为世所逼，有负夙诺，故及之。”有此一诗一注，胜于侯方域自辩清白者千万言。其实，吴梅村如欲自剖，何尝不可以侯方域孟浪赴试一事，借题发挥？而宁愿屈己以尊人，古人风义盖如此！