自从《江华岛条约》签订以来，日本商人在朝鲜攫取了巨大的利润，垄断了朝鲜市场，使八道人民的生活陷入极端困苦之中。不但大批手工业者破产，而且粮食缺乏，物价上涨，农民食不果腹。
闵氏一派执政政权之际，朝鲜形成了“守旧党”和“开化党”两派，在当时朝廷之中，大臣洪纯穆、金炳始等为便守旧之魁；闵台镐、赵宁夏、李祖渊等则为开化党的领袖。随着日本在朝鲜的政治经济势力的增长，朝鲜统治集团“开化党”内部出现了亲日派。他们企图倚靠日本势力夺取政权。在亲日派中，有后来成为“开化党”首领的金玉均、朴泳孝等人。他们扬言变法图强，与日木维持友好关系，催促朝鲜政府派遣学生留学日本，聘请日本人协助改革内政。但是由于朝鲜人民特别仇视日本，亲日派在朝鲜没有群众基础，为了要实现他们的目的，便极力与闵氏一派相结托。
闵氏一派在外国的压力和清政府的倡导下，才开始寻求对外开放的，但他们对清政府自鸦片战争以来，屡屡在对外交涉中丧失权益的情况知之甚详，对琉球新近被日本并吞也很关注，所以对能否依靠清政府保护，对付日本、俄国等列强的觊觎心存疑问。因此诸闵虽不完全同意亲日派的政见，但保全自己的统治，也乐于和亲日派勾结，互相利用。而此时大院君集团虽已失势，但一直企图利用国人仇恨日本侵略者的情绪，及对闵妃戚族专横腐败的不满，发动政变，重握政权。这一切使得此时朝鲜内部的政治局势十分复杂。
高宗19年（1882），从年初开始朝鲜全境大旱，农人无法耕种。但是，王宫内仍旧夜夜笙歌，仿佛不夜之城。而此时的朝鲜李朝，社会动荡不安，人心惴危，天地之间酝酿着一股杀气。
公元1882年7月23日，在《朝美条约》签订以后不到两个月，朝鲜爆发了“壬午兵变”
兵变的起因由来已久。进入80年代，政府就经常不能按时给士兵发放饷米，自从闵氏政府在日本的诱劝下，建立了接受特殊待遇的“新式军队”——别技军之后，就使其他士兵愈加愤慨，旧式军队和别技军冲突不断。日本人为今后对朝鲜的侵略铺平道路，劝说政府改编军制。1881年12月，闵氏政府便将原有的六个营改编为两个营，当时又传闻军制改编后将会有一次大裁兵的消息，于是，士兵们对日本侵略者和闵妃集团统治阶级的义愤口益增长。
这个时期，由于支付日本敲诈勒索的通商口岸设备费、频繁的日本外交使节团的接待费、前往日本和中国的使节团和留学生的派遣费、以及行政机构和军队的改编费，又由于宫廷和政府日常经费开支的普遍增加，尤其是由于闵妃及其家族沉醉于迷信和享乐，任意挥霍宫廷和政府的经费，从而使国家财政支出急剧增加。另—方面，由于官僚、地主土豪的私有地不断扩大，免税地和漏税地不断增加，国家收入日趋减少，国库濒于枯竭，以至达到了连下级官吏和士兵饷米都长期无法发放的地步，国家正规军的饷米已经停发一年了。
驻在汉城的军人大部分是出身于往十里、梨泰院一带的贫民，是领军饷、执行值班勤务的雇佣兵。他们每月只得到小斗二斗左右（约15公斤）的大米作为军饷，却负担着沉重的军役。这些军人单依靠军饷是无论如何也不能维持家庭生计的，于是，在不值勤时，便不得不去做农活或打短工。但是军人们持续13个月没有领到饷米，不满情绪增大到一触即发的程度。
宣惠厅觉察到军人的这种形势以后，便于1882年7月给军人发放了一个月的饷米。但是，仓库保管人员所发给军人的大米，不是被水浸泡腐烂了的，就是掺有半数米糠和砂子的，而且连那样的东西也份量不足。
军人们被激怒了，他们先是拒领这种不堪食用的饷米，纷纷向发放饷米的仓库投掷石头，金永春、柳卜万、郑义吉、姜命俊等四名个性暴躁的炮手，将宣惠厅仓库守卫痛殴一顿，宣惠厅一片狼藉，之后举行了浩大的示威。
当时主管发放饷米的是宣惠厅堂上兼兵曹判书闵谦镐，他见自己贪污的诡计暴露，不由得恼羞成怒，竟大施淫威，逮捕几个主谋者，并准备将他们处以死刑。这消息立即在汉城传开。金春永的父亲金长孙、柳卜万的弟弟柳春万等，立刻发出了通告，号召军人们展开救援运动。
武卫营的军人先去找了自己的直团长官李景夏，吁请释放入狱的同胞。李京夏原本虽是大院君的心腹部下，但是碍于闵氏的势力，无法释放被囚者。他给闵谦镐写了封信，叫军人代表们拿着信去找试试看。
军人代表们到了兵曹判书闵谦镐的家，正好赶上闵谦镐不在家。但是他家的下人把这些军人当作乞丐一般地呵斥：“你们这些家伙，既然大监不在家，就乖乖的回部队去，还在罗嗦些什么！”
这下惹恼了这些军人，军人们毫不留情的砸烂了大门，一涌而入，看到东西就破坏。长久以来累积下来的抑郁与愤怒，就这样毫不保留的爆发出来。
事情到了这个地步，把国家重臣的家都砸了，可谓相当严重，这些军人命将不保了。这时，不知是谁大喊一声：“事情闹大了，反正我们都是死路一条，不如反了吧！”
军人们一呼百应，召唤众部，集结了数千人，先袭击了东别营，杀死守卫，从兵器库取得武器，完成武装。武装起来的军人又继续袭击破坏了捕盗厅，释放了投入狱中的同事们，接着，又袭击了监禁政治犯的义禁府，释放了为卫正斥邪、爱国上书而被捕入狱的白乐宽。
从狱中被释放出来的白乐宽，起了暴动军人调停者的作用。在他的提议下，暴动军人们立即跑到大院居的住处——云岘宫，诉说律自己的委曲和怨恨。杀气腾腾的军人们在云岘宫门前推举了代表，进去和大院君谈话。
代表金长巽、柳春万等在大院君面前跪禀：“启禀大监，现今朝廷再这样下去，国家一定会灭亡的。小的们恳请大院府大监再次拯救这个国家。”
大院君心情激动，心想推翻闵氏家族势力，自己再次执政的时机已经到来。但他表面上仍然一副冷静的样子说：
“嗯，你们的爱国之情我知道了。诚如汝等所言，再这样下去，国家会灭亡了。为了拯救国家，我还有什么好迟疑的呢？但是，发动暴乱并不能拯救国家。你们想要完成心愿的话，一定要有卓越的领导者及周密的计划。我派一个人担任指挥，你们去集结各部，然后听从指挥者的命令，分毫不差的行动。我的话你们听懂了吗？”
“只要大院府大监吩咐，小的们一定不计甘苦，绝对服从！”
大院君马上派心腹部下许煜穿上军服，担任反叛军总司令官，私下授予许煜行动计划。叛军们受到了大院君的激励，如同遇到救世主一般，更加气势蓬勃，勇往直前。
暴动军人们整顿好队伍，把队伍分成两支，一支队伍涌向西大门外的京畿监营，捣毁武器库，撬获大部分的武器，分给许多民众，呼吁大家一起行动。
另一支队伍依次袭击并全部捣毁江华留守闵台镐等政府高官的住宅，连闵家挥雷浪费国家钱财的“祈祷场”和游乐场也加以捣毁，还袭击了日人军事教官盘踞的别技军兵营——下都监。暴动军人刚一包围下都监，留在兵营内的别技军土兵便响应了暴动。暴动军人同心协力处决了逃跑日本教官堀本与三名部下。
之后，两队合二为一，杀掉所有贪官污吏，并放火烧毁房子。当天晚上下起了大雨，深受剥削压迫的城市平民也纷纷卷入军人行列，动乱队伍越扩越大，暴动犹如一连串的爆炸一般，把朝鲜内部早已积聚起来的各种矛盾一下子点燃了，所有人都不知如何收手，京城已经变成一个黑暗的大屠杀场。
朝廷对军人突发的动乱惊慌失措，罢免武卫大将李京夏，重新任命大院君的长子李载冕为武卫大将，同时，兼任兵曹判书与宣惠厅堂上官的闵谦镐以及都封所堂上沈舜泽都遭到罢免。但是，这种不痛不痒的处置无法压制杀红了眼的军人，更何况军人的动乱已经不只是单纯的发泄了，他们有了再度拥立大院君执政的政治目的。
这一天，在日本公使馆前，展开了一场最大规模的斗争。参加暴动的军人喊着“砸烂日本公使馆”、“驱逐日本侵略者”的口号，涌进了日本公使馆。参加暴动的群众也愤怒地呼喊，投掷石块，放枪射箭，袭击活动和反日示威一直进行到深夜。被这阵势吓破了胆的日本公使花房义质及其以下官员，亲手放火烧了公使官，趁黑夜逃往仁川。
人民一参加暴动，第二天清晨，武卫营和壮御营两个营的军人，甚至连全体别技军，也转向了暴动军一边。
到7月24日，暴动队伍已达数万人，声势壮大。他们开始冲击的目标，由一般贪官污吏转向主张对外开放的政府高级官吏和闵氏贵族，乃至闵妃本人。暴动军人分股捣毁了大院君胞兄李最应及闵昌植等闵氏一派所有两班贵族和达官显贵的宅第。李最应也在混乱中被杀。另一支暴动队伍则进向仁川，追击出逃的日本公使花房义质。虽然日本公使在英国帮助下乘英舰逃回长崎，但使馆的8名日本人则被追击的暴动士兵所杀。
24日，暴动队伍冲进王宫，捉拿闵妃，占领昌德宫，准备迎接大院府大监。
叛军兵分数路，通过各宫门，打进昌德宫。守门将死于叛军的刀枪之下，群众高声呐喊，霎时间怒涛涌入宫内。
此时得到线报的闵妃面色惨白，伪装成宫女，到处寻找藏身之所。高宗慌乱之中无法决策，下令急召大院君入宫。
愤怒的人群遍寻闵妃不着，转而处决了躲在宫内的闵谦镐和京摄监司金辅铉等数名大臣。此时受命进宫的大院君一行来到宫中，府大夫人获悉发生动乱之后，执意随同大院君进宫。叛军一看到大院君，立刻欢声雷动。
意气风发大院君下了轿子，像一个凯旋的将军一般，高举双手，回应叛军热烈的欢呼。
由于暴动一开始大院君便设计让许煜挑起军人对闵妃的仇恨，杀红了眼的叛军仍旧高喊着：“王后到哪里去了？一定要杀死王后才能导正风气！”
疯狂地在王宫内部寻找，誓要杀掉闵妃。
府大夫人见王宫狼藉一片，慌忙进入高宗寝宫探视高宗，却发现闵妃穿了宫女的衣服，正脸色惨白瑟瑟发抖地与宫女们一起站在庭院里。府大夫人闵氏见此情景，眼泪不由得扑簌簌落下。虽然闵妃为了争夺政权与自己的丈夫作对，但是，叔叔重病之中曾将这唯一的孩子托付给自己，她毕竟也是自己喜爱的媳妇。哎，早知今日，当初何必把她送入宫中？
府大夫人命停了轿子，步行走向寝宫，趁无人注意，向闵妃使眼色，叫她赶快坐轿子逃跑。闵妃赶紧坐上了轿子，命轿夫抬轿往外走。
就在这个时候一个军士走了过来，掀开轿帘把闵妃拉下来大吼：“这就是王后！你想逃到哪里去啊？”
士兵们闻信上前，将闵妃围在当中。闵妃几欲昏倒，勉强站住，心中惊叫一声：“吾命休矣！”
就在这一刹那，武艺别监洪在义往左右拨开叛军，一把抓住闵妃的手腕大声叫道：“这个女子不是王后！她是我的妹妹洪尚宫。闵王后不知道藏在什么地方呢，大家赶快去找啊！”
叛军看洪在义冷静的神态，相信了他的话。洪在义护着闵妃死里逃生，终于逃出了王宫。
大院君在四处涌动的暴动士兵中穿行，进入高宗寝宫。高宗躲在最后面的房间里发着抖，看到大院君出现，像吓坏了的小孩子一样，跑到父亲身边，躬身搓手颤声说道：“父亲，您来啦！军人们发动暴乱，请父亲帮帮孩儿…”
一语未毕，泪水先滴了下来。
高宗生性懦弱，一切政事都由闵妃替他拿主意，突然遇到这么狂乱的事情，王后又不在身边，他完全不知怎样应付了。
大院君看着多年未曾见面的这个儿子，动了恻隐之心。他挖空了心思，筹划了各种谋略，才击败安东金氏，将他扶上国王的宝座，但是，这个孩子的个性太过软弱了，无法担当国王的重任，更陷入闵妃的掌握中，形成了今天这种局面。想来真是可怜又可叹。
大院君沉默哀伤，突然开口说道：“现在这个房里没有别人，就用家人之礼相见吧。”
“父亲…这里只有父亲与孩儿，怎么需要用君臣之礼呢？”
“载晃啊！你还是没忘记我这个父亲…”
“孩儿惶恐，父亲，都是孩儿的过错，请父亲原谅孩儿吧。”
大院君叹了口气，忍住了眼泪：“载晃啊，我扶你上国王的宝座，不是为了让我们家享受荣华富贵，而是为拯救这个国家与百姓。但是，你登基19年来，你看看，如今这个国家变成什么样子了？这种罪过，将来可怎么办啊！”
高宗痛哭道：“父亲！”
大院君接着说：“让国家陷入混乱很容易，但是要让陷入混乱的国家恢复原状，就绝对不是件容易的事情了。这段时日，宫内变得像个游乐场一样，这样胡闹下去，要如何才能把国家恢复原状呢？”
“父亲…这些都是孩儿的罪过，请父亲宽宏大量原谅孩儿吧。从今天开始，就请父亲仍像以前一样，亲自领导国家的一切。”
大院君满意地点了点头，问道：“这可是出自你心底的话吗？”
“现在如果不是父亲出面，又有谁能够平定这个混乱的局面呢？请父亲一定要接受孩儿的请托。”
“嗯，你这么想的话…”
大院君微阖双眼，三千里疆士豁然呈现在眼前，他压抑着潮涌的激动，当年的豪情壮志重回心中。
被逐出摄政之位9年之后，大院君就这样再度执掌了国家政权。
高宗很担心王后的安全，对大院君哀怨的说：“父亲，王后好像已经逃走了，您一定要帮孩儿寻找王后的下落啊。”
“放心，我一定要找到王后，你不要太担心，拿出国王的样子，要忍耐。”
大院君同样想找到闵妃，他设想最好的结局是，兵士发现闵妃之后，群情激昂，当场将其杀掉，自己的心腹大患，就算彻底根除了。大院君叫来武卫大将，下令尽快寻找闵妃的下落。
从7月23日至24日两天内，汉城及其近郊地区完全在暴动队伍的控制下，社会秩序大乱，政府官员逃走，行政机构瘫痪，闵妃出逃。高宗重新起用大院君，在大院君安抚、怀柔之下，暴乱基本平息了下来。
但是叛军们仍旧在全京城疯狂的寻找闵妃。闵性高官都被杀得差不多了，假如这样放过闵妃的话，叛军们担心以后不知会受到什么样的报复，所以上下一致决定，一定要趁此机会将闵妃杀掉，以绝后患。
一两天过去，军人们搜遍了整个京城，闵妃仍然行踪杳然。气势汹汹的军兵对民家的搜索越来越严，京城的民心也开始陷入不安。
骚动不安的民心对大院君十分不利，刚刚上台的大院君为了巩固自己的地位，决定对全国宣布闵妃的死亡。这种做法十分高明。假如闵妃没死，听到这个消息一定会放松警惕，容易暴露出马脚；而且这种面向全国的宣告也使她无法重新复活，在政治上可以把她完全埋葬。另外，只有王后的死讯，能让狂躁的动乱士兵安定下来，结束目前的混乱局面。
因此，大院君很快对全国发出公告：“王后娘娘于六月十七日（朝鲜农历）晚上，死于乱军之手，即日起办理国丧，从今天开始到国丧结束，百姓们都要戴白斗笠，并且遥向灵位哀悼。”
大院君一宣布公告，朝廷大臣之间就议论纷纷。这种做法实在有违常理，如果发现了尸体，还说得过去，但是现在闵妃生死不明，可要如何帮她办理后事呢？
询问大院君，他的意思是：“王后既不能上天，也无法钻地。况且，搜遍了京城住家，也找不到的行踪，这不是死了又是什么？分明就是乱军杀了王后，又把尸体丢入水中，不知道漂到何处了。所以此时办理国丧，是再恰当不过的事了。”
大臣们询问：“没有尸体，要如何办理国丧呢？”
大院君傲然答曰：“既然找不到尸体，就用衣物代替遗骸，放人棺木中处理吧！”
大院君设立国丧都监，来处理闵妃是丧礼事宜，将明政殿改为望哭处，欢庆殿改为殡殿，任命洪顺目、李载冕、赵永夏等大臣总理国丧。朝廷之中也有大臣上疏反对办理国丧，但是大院君一律不予理会。
替生死不明的王后办丧事，这种事情在朝鲜李氏王朝500年的历史上从未发生过，仅此一次。
宣布进入国丧之后，大院君立即解散了集结起来的叛军，恢复了原有的行政机构和军队编制，削去闵氏家族的一切政府要职，起用那些拥护自己的两班为大臣，重新组织起一个以他自己为中心的统治机构。
大院君的所作所为，同起义士兵的期待恰恰相反，他不但对他们的迫切要求置若罔闻，甚至吩咐手下严阵以待，一旦暴乱士兵再次骚动，将给他们以严厉的制裁。
叛乱士兵被解散的当天夜里，叛军首领许煜骑马来到城门外，见到官兵正在饮酒作乐。
许煜呵斥道：“不好好看守城门，怎么在喝酒呢？”
“肚子里空空的，大家喝点米酒解闷啊！”
守城军官满不在乎的回答。
“有没有人到城外去啊？”
军管带着酒意说：“没有一个人敢走出这个城门的，您放心吧！来吧，大家喝一杯！”
“大院君有吩咐，要好好看守城门，可不要让那些外戚弄臣还什么王后跑掉啦！”
军管哈哈大笑：“那些家伙早就脚底抹油，开溜了！再说不是已经宣布王后死了吗，举行国丧了，您不用担心啦！来吧，来喝酒啊！”
许煜策马离去。
军官谈了一声：“哎呀！说变天了，可到底有什么不一样呢？你说说看，咱们有什么不一样了？来来来…大家喝酒吧！”
夜很深了，突然一行人出现在守城官兵眼前，兵士大喝一声：“什么人！站住！”
四个轿夫停下轿子，为首的一个轿夫走上前来，对着守城门士兵们打着哈哈：“大人，小人是想要出城的百姓。”
两个士兵通报给守城军官，军官醉醺醺地走近前，上下打量了一下这个男子，摇着头：“回去吧！什么人都不许进出！”
轿夫冲着军官深深施礼，哀求道：“这位军官大老爷，行行好让我们家小姐出去吧…我不会亏待您的。”
军官努力睁大眼睛望着他，估量着他会出什么价钱，轿夫从怀中掏出了一个布包，偷偷塞给军官。
军官掂了掂手中的东西，面带喜色，尴尬地挠了挠头，将布包半推半就地送回来：“你这是干什么啊…”
轿夫挡住了军官的手，小声说：“你一定要收着啊。”
军官嘻皮笑脸地说：“你要这样…可不好啊。”
手却将布包揣到了怀里。
“干吗一定要现在出城呢？”
为了安全，军官问的详细点。
轿夫回答：“轿子里的是为了避难回乡下的闺秀！”
“诶？大院君已经入宫了，京城也安全了，为什么还要逃难啊？”
“军官老爷，我家小姐命苦啊。马上就要嫁人了，结果新郎家里成了一片瓦砾，男方是闵家人，肯定会招惹祸事的，怎能不逃命啊！”
“可是，大院府大监有令，不许放人出城啊，你想要我不得好死吗？”
“这位老爷，就当救救可怜人吧。看您相貌堂堂，必定是个善人，您就帮帮我们，我们乡下人，人生地不熟的。再说，大院君的世界又怎样呢？还不是跟以前一样吗？”
这句话说到军官心坎上了，他点了点头：“嘿嘿，你倒会说话。不过，说的也是…”
“那，您就打开门，让我们出去吧！”
“快点带来吧！”
轿夫转身跑向身后的轿子，四个人抬着轿朝城门走过来。这个为首的一个轿夫，就是洪在义。
这一行人出了城门，奔乡下急行，约莫走了半个时辰的光景，轿中之人忽然开口：“停下轿来！”
四个轿夫停了脚，洪在义低声劝阻：“娘娘…赶路要紧啊。”
轿中之人不说话，洪在义只有放下轿子。
轿帘一挑，闵妃走到轿外，她回身朝着京城的方向凝望。黑暗之中滑落的泪水无人觉察，也没人看见闵妃紧咬的双唇和攥紧的拳头。
她在心中默念：“王上，臣妾走了。但就算化成白骨，臣妾也必定会回来的。我的孩子，母亲一定会回来看你的！”
另一个“轿夫”闵应植轻轻催促道：“娘娘…请恕罪啊…”
闵妃缓缓转过身，回到轿中，冷冷说道：“走吧！”
闵妃在洪在义的保护下逃出王宫，原本暂时躲在安国洞的尹泰骏家中，听到了大院君宣布国丧的消息，知道京城已经不能呆了，便设法逃到了骊州闵泳伟家。最后，秘密赶到位于长湖院的闵应植家中，等待机会东山再起。
大院君用极端的方式了结闵妃的问题之后，开始施行自己的改革计划。他大举肃清闵氏一派与亲日派之后，将自己人，全面安插到朝廷重职之上，闵妃因为财政困难而一直铸钱的弊端，也予以扫除。大院君似乎要一扫闵妃时代累积下来的腐败政治，朝鲜李朝再次举起了斥和大旗。
壬午兵变之后的第8天，1882年8月1日，大清驻日公使黎庶昌给北洋大臣张树声去电，告知朝鲜兵乱。此时，李鸿章已回合肥奔丧，直隶总督兼北洋大臣由张树声署理。张树声立即向清政府提出建议：中国应派兵船前往观变，察看情形，相机办理。两天以后，驻日公使黎庶昌又来电报，报告了日本的动向。张树声在转达黎电时，附了一份津海关道周馥与当时在天津的朝鲜陪臣金允植的问答节略，据金允植说：朝鲜国内有事不能自定，而且杀了日本人，日本必定要借机干预要挟。请求中国派出兵船、陆军千名，协助朝鲜平乱。
金允植是闵妃一派的人物，主张开化，藏匿在长湖院的闵应植家中的闵妃暗中派人正在与其联络，请他敦请清朝出兵朝鲜，镇压起义士兵，协助自己恢复政权。
壬午兵变根本上说是朝鲜内政，但由于在暴动过程中伤害了日本人和冲击了日本使馆，引起了清王朝的严重不安。作为宗主国，清王朝对藩属国的内政自不应干涉，况且大院君重新执政后并没有废君更朔，也没有任何割断与清王朝宗藩关系的迹象，但他反对开国政策，从而可能导致破坏列强与中国之间在东北亚地区的均势，尤其是可能导致日本借口乘机出兵朝鲜，从而破坏清王朝在东北海疆的战略构想。因此，清朝必须对此作出反应的。这既是国防的需要，也是宗主国保护属国免受他国侵略的道义责任，更何况闵妃已经通过金允植表达了，敦请清朝出兵，平定叛乱之意。
之前从金允植和周馥的答话中，可以看出，他认为壬午兵变与去年李载先等聚众谋变如出一辙，而李载先则是大院君的之子，这就是说，金允植对清朝隐指，兵变谋主可能是大院君李是应。虽然这种说法是否确切，还很令人怀疑，但将大院君带走，显然可以保证清政府在朝鲜继续推行“以夷制夷”政策，也以此平息事端，防止日本的介入。因此清朝政府在出兵朝鲜之前，便做好决定，届时捉拿“兵乱祸首李昰应”
在内政与外交融为一体的情况下，保护属国成了清王朝堂皇的借口，清朝开始派兵进入朝鲜平定内乱，防范日本图占朝鲜。由丁汝昌、吴长庆、袁世凯等率领的3千名清军，在4艘军舰的载运护送下，开抵汉城。在此之前，日军约一千数百名已先后到达仁川。双方在仁川相遇时没有发生冲突。
为了抢在日军之先，马建忠在清兵抵达汉城之前，先带兵营二哨驰赴汉城。马建忠进入朝鲜京城，即与大院君会晤，先以好言相接，释其疑虑。为防止日使花房义质骤然决裂，第二天马建忠又回到仁川会晤了花房义质，告之中国准备替朝鲜先除内患，使国家得以自主，再与日本商谈事务。在对待朝鲜平乱问题上，清军取得了主动权。
但是，当清军抵达京城时，兵变已经平息，大院君已经在高宗任命下有效地实施行政管理。面对无乱可平的现况，清军着手执行“获致”大院君的任务。马建忠、丁汝昌根据向导金允植、鱼允中所探得“乱党”的情况，连夜去吴长庆大营商密定了诱执大院君、究捕“乱党”的计划。
第二天，吴长庆入城拜会了大院君。下午三时，大院君到清军大营作礼节性回访。清国军士高兴的迎接大院君，还举行盛大的欢迎宴，趁机支开了大院君的十余名守护。在宴会结束前，忽然出现了一群挥舞著枪剑的猛兵，强将大院君拉上轿子，连夜冒雨遄行。在丁汝昌的指挥下，大院君被掳到了南阳海口，即上“登瀛州”号军舰，由管带叶伯压解送至天津。
大院君被送至天津后，李鸿章亲自询问其变乱缘由及乱党的首领，但问不出清方所需要的材料。李鸿章便命津海关道周馥、候选道袁保龄、马建忠等再行详细询问。
对大院君的询问集中在以下问题：变乱缘由，李最应为何被杀？乱首何人先入王宫？何队兵卒环首于李是应？为何不捕治乱党？这些问题表明清政府仍然希图弄清事件真相及大院君李昰应在兵变中应负什么责任。
这次询问，清方仍没有获得李昰应系兵变主谋的自供。而事实上，壬午兵变是朝鲜军民自发的反腐败、反暴政、反对日本侵赂势力渗透的正义斗争，大院君只是利用了这场兵变，以实现其蓄谋已久夺回政权的目的。
清政府早就根据张树声的报告认定李昰应就是乱首，经过几次询问，李鸿章虽知证据不足，但是为大清国计，必须定其罪名并加以处理。
至于如何处理大院君，清廷有人建议“将昰应羁留中国，令其富贵以终”的处理。之所以要把他留在中国，是为了避免大院君在朝鲜再度激发党争，坏了清政府在朝鲜问题上既定的“以夷制夷”外交策略。自从大院君被执之日起，高宗一再向清方求情，要求释放生父。就在大院君在天津被李鸿章等“会询”时，朝王还派赵宁夏等来津面呈咨文，要求清政府念其年老体弱，看在父子情份上，恩准其回国。最终，清朝政府宣布：“李昰应著免其治罪，安置直隶保定府地方，永远不准回国；仍著直隶总督优给廪饩，严其防闲，以弭该国祸乱之端，即以维该国王伦纪之变。”
然而，历史捉弄了清王朝。被决定永远不准回国的李昰应，在保定府被软禁不足三年，即由提议水不准复回的李鸿章以“甲申事变”后需收拾人心为理由，向清廷提出释放回国，这是后话。
清兵在朝鲜带走了大院君后，即开始了诱捕大院君之子李载冕及其部属的活动。李载冕在兵变后被大院君任命执掌兵权，吴长庆等在诱捕大院君后，害怕李载冕拥兵作乱，也将李载冕诱至南别宫拘禁起来。李载冕知道大院君一派已不可作为了，在拘禁中辞去兵权。
紧接着，夜间，吴长庆及副将张光前、何乘鳌、总兵吴兆有率亲兵庆字三营，奔赴“乱军所居”之枉寻、利泰两村，进行围捕。当时，起义士兵已知为大院君所欺骗而深感不安，但又不知所措，只好消极地观望形势。就在这个时候，突然遭到了清军优势兵力的围攻。清军与“乱党”短兵巷战，到天明时分，捕获了170余人，其余逃逸。经过审讯，杀了其中为首的10人，其余人交给朝鲜政府处理。
清军从诱捕大院君开始，到剿平叛乱者，完成了平定朝鲜内乱的任务，闵妃集团也借助清军之手，从根本上铲除了自己的政敌，重新夺回了失去的政权。
在这期间，日使花房义质曾经于8月20日面谒高宗谈判，提出如下要求：
一、朝鲜政府疏于负起治安责任，致使日本军人遭到杀害，以及日本公使馆遭到烧毁，朝鲜政府需对此负起责任，以书面谢罪，并履行以下各事项。
二、朝鲜政府在收到此要求书后十五日内，应缉捕凶手到案，并对其处以足使日本政府满意的刑罚。
三、朝鲜政府应为被害人办理隆重的葬礼，并支付被害人遗族日币五万元的补偿金。
四、凶手暴行所导致的日军之损害与出兵所需的一切费用，朝鲜国应负责赔偿。
五、今后五年间，驻在朝鲜国京城的日本公馆，由日军负责守卫。
六、除釜山、仁川之外，朝鲜政府并开放元山、咸兴、大丘等地让日商得以自由往来与经商。
因为中国大军到来，朝方有恃无恐，不接受日方苛刻要求。由于清军人数比日军占据优势，他们进入汉城后，既拘捕大院君，又镇压士兵起义，几乎包办了朝鲜政府的一切事宜。所以，日本人暂时停止了同朝鲜政府的交涉，坐视事态的发展。另一方面，清军逮捕和押走极端的排外主义者大院君，残酷镇压起义士兵，这对日本侵略者说来也是有利的。后来，花房见谈判没有任何进展，便运用恐吓的手段，致书高宗，责备朝鲜无修交诚意，悴然离开朝鲜京城去仁川，装出要决绝的样子，威胁朝鲜接受日本条款。
此时大院君已经被捕，并由中国兵船解送返天津。这时候，高宗完全倚靠中国势力来挽救自己的危机，日朝谈判也要借助中国的力量。
马建忠亲到仁川访花房，企图调解，但是，日使坚决拒绝中国参与日朝交涉。这是日本—贯的政策。因此马建忠所能做的，就是劝朝日双方和平会商，并暗中与高宗政府研究条款要点，提供意见，阴掣日本的奢求。
最后朝方代表与日使达成立协议，于8月30日签订了济物浦条约。其要点有三：
第一、朝鲜应允礼葬日本遭害者，抚恤其遗族，同时，限期“捕获凶徒，严实渠魁，从重惩办”
第二、朝鲜赔偿日本损失及军费50万元，分5年清还（后改分10年清还）。
第三、日本派兵“警备”使馆，兵营内朝鲜负责设置修缮。
在续约中，日本又取得增开杨花镇市场，日本公使、领事及其随员眷从得自由“游历”朝鲜内地的权利。
《济物浦条约》可说是《江华岛条约》的直接继续和发展，标志着日本在朝鲜扩强的新步骤。它不但加强了经济、政治的控制，而且也加强了军事的控制。当时清朝的统治者不了解这个条约的实质意义。李鸿章在奏报清廷时表示他的意见说：日本末将割地、开矿、及陆路通商各事强迫朝鲜接受，除赔款50万元稍嫌过多而外，可说“无甚流弊”其实《济物浦条约》对日后关系最大的是日本使馆驻兵一条，此后中日两国均有军队驻扎朝鲜“甲申政变”时中日直接冲突即伏机于此。《济物浦条约》的后果揭开了1884年“甲申政变”的序幕。