不上吊而投水，是高攀龙以屈原自拟，连寻死的方法都有讲究，可见他赴义的从容。《明史本传》谈他的学养说：
初，海内学者率宗王守仁，攀龙心非之，与顾宪成同讲学东林书院，以静为主，操履笃实，粹然一出于正，为一时儒者之宗。海内士大夫，识与不识，称高、顾无异词。
按：心非阳明，必为程、朱。阳明一死，以媚世宗起家的“大礼议”主角桂萼，首攻阳明，于是复以程、朱为正学，心性空疏、无裨经世致用之学复昌。东林君子，遇见小人，一筹莫展，弄到头来，不过成了为天地留正气的烈士，苛刻而论，无非独善其身。如果东林君子不薄阳明，重视“致良知”之说，使吾心与外物贯通，理论与实际一致，如照阳明应付许泰、张忠的办法来对付魏忠贤，换句话说，多能像黄尊素那样，局面必不如此之糟。
黄曾素是王阳明的同乡，他有个儿子，名气甚大，就是黄宗羲，字梨洲。黄梨洲从父遗命，学于刘宗周，刘出程、朱，入阳明，著有《阳明传信录》。黄家父子受阳明的影响，行事就大不相同了。
《明史本传》说“尊素謇谔敢言，尤有深识远虑”可惜东林有此智囊而不能用。他的见事之明，据正史可以提出下列数点：
第一，他以徐克启为例，劝邹元标说：“都门非讲学地。”果然，邹的首善书院奉旨拆毁。
第二，杨涟严劾魏忠贤，他跟魏大中说：“清君侧者必有内援，杨公有之乎？”杨涟没有，如有王安在，黄尊素就不会说这话。
第三，魏大中为细故劾魏广微，此是打草惊蛇。黄尊素劝魏，魏不听。
第四，东林内部有以地域分的派系，黄尊素尽力设法团结弥缝，而魏大中一意孤行，因而有汪文言之狱。
第五，汪文言之狱初起，由于黄尊素向刘侨进言，釜底抽薪，始得免于扩大，魏忠贤及阉党即因黄“多智虑”必欲杀他。
第六，黄尊素曾准备以正德年间杨一清利用太监张永诛刘瑾这以毒攻毒的办法，策动李实杀魏忠贤，事不成被害。