为了眉目醒豁起见，成祖内犯陷京师的经过，我再撮要提示一遍：六月初燕师以都督陈瑄投降，得以渡江，取道镇江、龙潭，直薄京师；大约在六月十三，谷王及李景隆开京城西北的金川门迎燕，燕王入城，分遣诸将守城，致书建文帝；其时皇城已闭，燕王不愿以武力破宫，还驻龙江驿。约在午后不久，皇宫火起，成祖派兵驰救，火息搜索，由成祖的太监，找出一具尸首，说是建文帝已自焚。其实不是。那么建文帝到哪里去了呢？这个谜，留待以后再研究，先谈成祖入承大位之初的残忍暴虐。
成祖的本意，希望建文帝逊位让国，及至皇宫火起，才知如意算盘落空，于是一面拷问宫嫔太监，追问建文帝的下落；一面大事搜索，捉拿所谓“奸臣”
这两件事，前者无结果，不得已肯定建文帝自焚，而在破城后的第八天将那具尸首下葬；建文马皇后亦无下落，相传被指为帝尸者，实为后尸。
搜杀“奸臣”则成祖可谓如愿以偿。他的第一个目标是齐泰、黄子澄，此两公以后不太为建文帝所信任，在进退失据的困境下，每每以此两人的名位作牺牲：与燕谋和时，他们被解职；对燕强硬时，则又召还。成祖陷京时，齐、黄都在外面募兵勤王，黄子澄在嘉兴为人所密告被捕，成祖亲自审问，不屈“磔死”族人无论少长皆斩，姻亲一律充军。但留下一个儿子，改名田经，移居湖北，子孙中后来有人中了进士。
齐泰在燕师渡江时奉旨回京，走到半路上听说京师沦陷，走外郡想号召义士反攻。其时成祖已悬赏捉拿齐泰，他的那匹白马大概像关公的赤兔马那样，十分出名，成了一个很显著的目标，齐泰异想天开，用墨把白马涂黑，走不多远，马一出汗，墨汁淋漓，依旧褪成白色，有人诧异：“哟！那不是齐尚书的马？”因而被识破行藏，捉到京里。书生不经世务如此！而建文帝用他参国政，岂不是自找倒霉？不过话说回来，齐泰虽似书呆子，也讲原则，而且亦不算刚愎，比黄子澄要略胜一筹。
齐泰亦是不屈而死。成祖对他比对黄子澄要客气些，给他留下一个六岁的儿子。至于遭遇最惨的则是方孝孺。