为了适应新的形势，根据中央关于“迅速在西满、东满、北满划分军区和军分区，将军队划分为野战军和地方军”的指示，为了便于“分散安家”，也为了对各部队进关以来编制、番号较为混乱的局面加以整编，东北局首先将部队做了重新编制。
1946年1月4日，经中央军委批准，东北人民自治军改称为东北民主联军。总司令林彪，副总司令吕正操、周保中、萧劲光，第一政委彭真，第二政委罗荣桓，第一参谋长萧劲光（兼），第二参谋长伍修权，政治部主任陈正人，总后勤部部长叶季壮、政委杨至诚。这时候，东北民主联军的总兵力已有27万人。为了作战的需要，东北民主联军总部又分设前方总部（简称前总）和后方总部（简称后总），这时后总设于本溪，前总则随林彪赴辽西前线。
在东北民主联军总部之下，成立四大军区：
北满军区（也称吉黑军区）司令员高岗，政委陈云，参谋长李天佑。北满军区之下又设五个军区，即合江、牡丹江、松江、嫩江、龙江军区。军区直属部队是第七师（由山东来的第七、八两师和冀热辽来的第十九旅合编），师长杨国夫，政委刘其人。
西满军区（也称辽热军区）司令员吕正操，政委李富春、黄克诚（不久改任司令员）。西满军区之下又设两个军区，即辽西、嫩南军区。军区直属部队是第三师（原新四军第三师），师长兼政委黄克诚（兼），副师长刘震、洪学智。
南满军区（也称辽东军区）司令程世才，政委萧华、江华，副司令员罗舜初、曾克林，副政委莫文骅、唐凯，参谋长罗舜初（兼）。南满军区之下又设安东军区。军区直属部队是三纵和四纵，三纵（以山东来的第三师和另外三个旅组成）司令员程世才（兼），政委罗舜初（兼）；四纵（由山东来的第六师和第五师组成，初期称为二纵和三纵，不久合编为四纵）司令员吴克华，政委彭嘉应，副司令员胡奇才、韩先楚。
东满军区（也称吉辽军区）司令员周保中、政委林枫，副司令员陈光，副政委张启龙，参谋长陈光（兼）。东满军区之下又设三个军区，即通化、吉东、辽北军区。军区直属部队是七纵和吉黑纵队，七纵（由山东来的东北挺进纵队改编）司令员万毅，政委周赤萍；吉黑纵队司令员曹里怀，政委郭峰。
东北民主联军总部直属部队是由山东过来的梁兴初任司令员、梁必业任政委的第一师，是林彪很熟悉的当年八路军一一五师的老部队。此外总部之下还有贾陶任旅长的炮兵旅、三个军事学校（军政大学、航空学校、炮兵学校）。
各部队在东北局各分局和各军区的安排下，都避开了与敌人的正面作战，分散到乡村去发动群众，消灭土匪，惩办汉奸，开展清算斗争（清算汉奸和伪军的罪行，收回被他们霸占的土地和粮食，分给贫苦农民），减租减息，建立政权，组织游击队和民兵。
在清算斗争的基础上，各地逐步开始分配开拓地和满拓地（即日本拓务省和伪满拓政司组织的各种开拓团所夺占的土地，这在东北农村数量不少，很多县都在三分之一以上，最高的在80％左右）给农民。1946年3月20日，东北局发出《关于处理日伪土地的指示》，决定“所有东北境内一切日伪地产、开拓地、满拓地，以及日本人和大汉奸所有地产，应立即无代价地分配给无地和少地的农民、贫民所有”。于是东北全境开展了分田运动。1946年5月，中共中央下达《关于清算减租及土地问题的指示》。不久，东北局“七七决议”传达到整个东北，凡是我党控制的地区都掀起了大规模的土地改革运动，截至1947年2月，东北地区（南满除外）共有400万农民分得土地3160万亩，平均每个农民分得8亩左右。
东北局在不断总结各地经验教训的基础上，随着解放区的扩大，不断把土地改革运动推向深入。1947年秋天，彭真专门回西柏坡村参加了中共中央召开的全国土地会议，将《中国土地法大纲》带回东北，进一步检查了各地在土地改革中的不良倾向，纠正了一些地方出现的“左”
倾错误，并在土地改革的基础上开展生产运动。东北各解放区的土地改革一直到1948年春天基本结束，所有贫苦农民人均都分到了7～12亩土地（当时东北还处在地广人稀的时期，老百姓还习惯于广种薄收，有的地方还是轮作式的耕作，所以占有的土地都比较多），每40～70亩土地有一头耕地的牲畜。东北农村这一场暴风骤雨式的运动，保证了东北解放战争的胜利。正如后来陈云同志所说：
由于东北进行了土地改革，贫苦农民翻了身，我们党才能在东北站住脚，扎下根，我们的部队才可能有那么充足的兵源，那么充足的粮草来和美式装备的国民党军队较量。
剿匪是东北农村中另一个重要任务。东北历来就以土匪多而名闻全国，过去的土匪是以占山为王、打家劫舍的“胡子”为主，现在的土匪则是以国民党派遣人员联系的伪满军警、地主恶霸和胡子合流的政治土匪为主。据统计，当时东北的土匪分为16个系统，都属于政治土匪，其中有国民党以各种名义所委任的正副“总司令”、“总指挥”32名，“军长”33名，“师长”158名。他们趁日军投降、苏军只在大城市、我军初到东北不熟悉环境的机会，大肆发展，为所欲为，不仅杀害我军和我党干部，竟连一个整排的苏军也敢杀害。我东北局成员、中央政治局委员张闻天和我党新委任的合江军区司令方强于1945年12月在苏军的护送下，乘汽车从牡丹江到佳木斯途中，就曾被土匪伏击，差点牺牲。
我东北部队以三分之一的兵力投入剿匪，用追剿、堵剿、驻剿相结合的办法穷追猛打，力求斩草除根。1946年6月，东北局又专门下达了《剿匪工作指示》
从1945年底开始，一直到1947年春，我军与各路土匪作战1300多次，共歼灭匪徒7.9万多人，缴获各种枪支5万多支，使我军在东北农村中解除了后顾之忧。