为坚持吉林、辽宁两省东部地区的抗日游击战争，粉碎敌之重点“讨伐”，1939年春节前夕，抗日联军第1路军一部在杨靖宇的率领下，袭击吉林省桦甸县木箕河林场，全歼伪森林警察队，缴获步枪近百支、轻机枪3挺、军用物资一部。4月初，又袭击了敦化大蒲柴河日军野战仓库，解除了伪警察200余人的武装。尔后，第2军继续在桦甸一带活动，第1军向东部山区转移。
在敌人的围攻中，第1路军第1方面军艰苦转战，牺牲较大。第2、第3方面军虽受到一些损失，但仍给日本伪军以很大打击。6月上旬，第2方面军在安图红旗河附近闭门屯设伏，歼敌50余人。尔后袭击敦化大蒲柴河，全歼日军助川“讨伐”队；破袭延吉地区天宝山铜矿，迫其停产1年。
8月23日和24日，第3方面军在第1路军副总司令魏拯民的指挥下，采取“攻城打援”战术，以一部兵力攻克安图县城，消灭伪警察署，以另一部兵力于安图以北大沙河伏击由明月沟出援之敌。这次战斗，全歼日军宫本队长以下100余人，缴获步枪近百支、轻机枪2挺，毁汽车7辆。25日，又在大沙河以北柳树河子附近设伏，毙敌“讨伐”队近百人，毁敌汽车5辆。9月20日，该部又于敦化以南寒葱岭伏击敌军，毁敌汽车12辆。
1939年夏季，东北抗日联军第1军积极开展游击战，给日伪军以不断打击。
但1939年下半年以来，把治安肃正重点已转向东南满地区的日伪当局，加紧了对抗联第1路军的军事“讨伐”和政治镇压，使活动在东南满地区的抗联第1路军的斗争环境更加恶化。为了断绝抗联第1路军的粮食来源，日伪当局强迫东南满地区的农民提前秋收，然后把粮食集中到指定地方，由日伪军警严加监管。
针对这种情况，杨靖宇曾分别派出警卫旅政治委员韩仁和率少年铁血队一部到漾江的头道、二道、三道花园一带，派第1方面军政治部主任伊俊山率少年铁血队另一部到金川、辉南县的榆树岔、龙泉镇、韩家街一带，派第1路军总部参谋李兴绍率警卫旅一部到辉南县马屁股山一带筹集粮食，为部队过冬做准备。
9月30日，杨靖宇率队来到桦甸县头道溜河，与中共南满省委书记魏拯民、南满省委宣传部长全光、第1路军警卫旅旅长方振声及所率部队会合。会合后，杨靖宇、魏拯民决定于10月1日至5日，召开中共南满省委与抗联第1路军主要领导人会议，史称第一次头道溜河会议。
参加会议的有韩仁和、全光、方振声、徐哲、黄海峰等。会议分析了当时的严重形势，研究了对敌策略，为保存实力，避免遭受歼灭性打击，决定对抗联第1路军各部实行“化整为零，分散游击”的方针，以小股部队分散游击的方式与敌人周旋，以粉碎敌人的“讨伐”。
会后，抗联第1路军各部，便以小股部队分散在长白山区的漾江、抚松、金川、辉南、桦甸、敦化、和龙、临江、辑安等地，开展游击活动，艰苦作战。此时，抗联第1路军的抗日游击斗争已进入极端艰苦时期。
抗联战士缺衣少食，经常十天半月吃不到粮食，常常是渴了抓把雪，饿了吃些树皮、野菜、草根。没有鞋穿，就用破布或麻袋片把脚包起来在雪地上行军，常常是空腹与敌军搏斗。部队每次从敌人手中夺取粮食和给养，都要经过激烈的战斗，几乎都要付出鲜血和生命的沉重代价。长白山地冻天寒，气温常常是零下三四十度，不少战士冻掉了手指和脚趾，很多战士在雪地宿营时，躺下后就被冻得站不起来，被严寒夺去了生命。部队缺医少药，许多战士因负伤或冻伤得不到及时治疗而伤残甚至牺牲。正像抗联老战士回忆时所说的那样，抗联部队的生活是：天大的房子，地大的炕，火是生命，森林是家乡，野菜野兽是食粮。
在这种极端艰苦的条件下，抗联第1路军广大指战员不畏艰险，不怕牺牲，继续与日伪军不断进行英勇卓绝的搏斗。
据日伪资料记载，仅在1939年6月至12月的7个月里，抗联第1军各部就与日伪军作战276次，其中第1路军总司令部49次，第1方面军23次，第2方面军41次，第3方面军55次，“归属不明者”108次。这些战斗表明，抗联第1路军的广大指战员抗日意志是十分坚强的，对敌人的打击也是相当沉重的。然而，由于频繁残酷的战斗和饥寒交迫的恶劣环境，也造成了抗联第1路军的大量减员，到1939年末，抗联第1路军的兵力已不足千人。