东北抗日武装不断地发展和壮大，引起了日伪军的极度恐慌，于是他们不断加紧对东北地区抗日武装的镇压。
为了团结更多的抗日力量，有效地抗击侵略军，扩大抗日游击战争的局面，1935年6月3日，中共东北党组织收到了中共驻共产国际的代表团从莫斯科发来的中共中央的“六三指示信”。
信中，中央作出了这样的指示：“现在东北各种反日队伍，一般的都有建立反日统一战线的必要与可能，我们不应机械地背诵过去的4种游击队的公式，而现在要普遍与各种反日武装队伍，建立下层与上层统一战线，团结一切反日武装共同抗日。我们现在要巩固和扩大建立抗日联军（或抗日救国同盟军）总司令部一类的组织……号召东北各种反日武装团结一致……我们要加紧各地的群众工作，准备召集全东北义勇军代表会议，建立全东北的军事领导机关，如东北抗日联军（或抗日救国同盟军）总司令部的名称——统一游击队的领导和指挥……”
据此，1936年2月20日，以当时在东北最著名的几个抗日领袖杨靖宇、王德泰、赵尚志、李延禄、周保中、谢文东等人和汤原、海伦游击队的名义联名签发了具有历史意义的东北抗日联军统一军队建制宣言。
宣言发表后，由中国共产党领导的、以东北人民革命军为主体，联合一切反日爱国武装力量组成的东北抗日联军的各个部队便陆续成立起来了，东北的武装抗日斗争也从此进入了一个崭新的阶段。
卢沟桥事变后，东北抗日战争变成了全国抗日战争的重要组成部分。在全国抗战形势的鼓舞下，东北各族人民抗日热情更加高涨。
8月，东北抗日救国会发出紧急通知，要求抗日军民联合行动，号召伪军哗变共同对敌。抗日联军第1路军总司令部发表告满军同胞书，号召：“凡是中国人都联合起来！打倒共同敌人日本帝国主义！铲除民族败类——卖国贼！推翻傀儡政府‘满洲国’！”
东北抗日联军和各族人民，积极开展抗日游击战争和各种抗日斗争。在此形势下，伪军警也开始分化，出现成批的携械反正。东北抗日游击战争呈现出蓬勃发展的局面。
在中国共产党领导的抗日联军和各族人民的浴血奋战下，日军的侵略计划也不断遭到失败。日本帝国主义为改变这一不利的局面，将关东军的兵力增至4个师团、2个独立混成旅团、3个骑兵旅团、5个守备队（相当于旅团），共达十万余人。同时，大力扩充伪军，使伪军总兵力达26个旅，约10万人。并加紧推行“三年（1936～1939）治安肃正计划”，加强军事“讨伐”和殖民统治，且将其“讨伐”重点指向北满，由南向北、由西向东，逐步压缩，妄图将抗日联军大部消灭于松花江下游，黑龙江与乌苏里江之间的“三江”平原。
因此，一场更为严峻艰苦的斗争，摆在抗日联军和东北各族人民的面前。
在强敌进攻的新形势下，活动于北满的抗日联军部队，至1938年6月，与日军连续作战达500余次，歼日军数千人，抗日联军本身也伤亡很大，有的部队减员过半。
1938年下半年，日军为彻底消灭东北抗联，巩固其殖民统治，以及准备对苏作战，将关东军兵力增至7个师团，并加紧对抗联的军事“讨伐”和经济封锁。
东北抗日游击战争由此开始进入极端艰苦的斗争阶段。到1939年底，关东军增至9个师团。同年，敌调集重兵，以抗联第1路军为重点，连续地进行“讨伐”，使抗联部队得不到休整机会；并提出“匪民”分离等口号，加紧招抚诱降，企图分化瓦解抗联队伍，致使抗联中一些不坚定的分子先后叛变投敌。同时，实行所谓“米谷管理法”，以及控制布匹、鞋帽、油盐、医药等物资，以断绝抗联生活必需品的来源。
由于日伪军疯狂的军事“讨伐”、严密的经济封锁，抗联活动地区日渐缩小，部队大部被迫转移到深山密林，战斗在冰天雪地之中，粮食断绝，常以树皮和野果充饥，备受艰难困苦。然而，抗联在几经辗转得到的中共六届六中全会精神和六中全会给东北抗联、东北人民致敬电的鼓舞下，在毛泽东的《论持久战》一书的思想指导下，尽管斗争形势日趋恶化，处境日益艰险，但绝大多数部队仍不屈不挠地坚持东北抗日游击战争。