裕仁天皇之所以有“兵力是否充足”的担忧，是因为自1943年下半年以来，世界反法西斯战争的形势发生了深刻的变化。德军在斯大林格勒遭到惨败后，被迫收缩战线，苏军转入反攻。意大利于9月8日宣布无条件投降，极大地削弱了法西斯的侵略势力。日本在太平洋战争中，中途岛作战、瓜岛作战以及东南太平洋方面的岛屿作战，均归失败。法西斯战线开始崩溃。
为了应付这种局势，9月25日，日军大本营和政府召开了联席会议，对世界形势、战略方策、对外方策等进行了研究。并于9月30日公开御前会议决定，扩大航空兵，使1944年飞机数额达到5.5万架；加强海洋正面和缅甸方面的地面兵力；对华兵力保持在1943年的程度，但由于国力所限，对华军备的装备水平将忍痛降低。
御前会议以后，日军在太平洋战争中又接连失败，至年底日军在战略上已完全处于守势，盟国军队进入了大规模反攻阶段。此时，大本营和日本政府已预感到其海上交通有完全被切断的可能。
为了在海上交通被切断时，能保持日本本土与东南亚的联系，并摧毁美军在中国的空军基地，1944年1月，大本营决定在中国进行打通大陆交通线（平汉、粤汉、湘桂等铁路）的作战。因此，1944年围绕着增援太平洋战争和打通中国大陆交通线的任务，侵华日军的兵力进行了调整。其具体变化如下：
1月下旬，将华北方面军之第32、35师团调往南太平洋战场。
2月上旬，组建了第1至第14独立步兵旅团和第1、第2、第4、第5、第9、第10、第11、第12等8个野战补充队，分别置于华北和华中，用以接替调出部队的守备任务；同时将关东军所属的第27师团调入华中。
2月10日，将第3飞行师团司令部改编为第5航空军司令部。
5月31日，将华北方面军第12军所属之第37师团调归中国派遣军直辖，8月26日，又将第37师团编入第11军战斗序列。
7月4日，将华北方面军所辖之第26、第62师团调归大本营直属，15日，将第26师团编入第14军（驻菲律宾）战斗序列。7月24日，将第62师团编入台湾军战斗序列。
7月10日，将独立步兵第3、第4、第9旅团改编成第114、第115、第117、第118师团。
7月17日，将第114师团编入第1军；将第115、117师团编入第12军；将118师团编入驻蒙军。同日，大本营决定成立第34军（又称武汉防卫军），用以接替参加打通湘桂线作战的第11军的警备任务。
8月26日，大本营下令成立第6方面军，统一指挥打通湘桂线的作战。
9月28日，将关东军第20军司令部调为中国派遣军第6方面军。10月19日，大本营下达第20军的战斗序列。
12月11日，中国派遣军命令第23军司令官兼任香港占领地总督，同时，大本营命令将香港总督部、防卫队编入第6方面军战斗序列，并配属给第23军。
经过上述调整，到1944年12月止，中国派遣军的战斗序列如下：
总司令官冈村宁次大将（原司令官俊六大将于1944年11月22日调任教育总监，冈村宁次于12月2日由武汉抵南京任）。总参谋长松井太久郎中将（1945年1月31日由小林浅三赴郎中将接任），副总参谋长佐藤贤了少将（原副总参谋长启川安夫少将于1944午12月14日调任第6方面军参谋长），司令部设南京。下辖华北方面军、第6方面军、第13军、第5航空军。共计25个师团、1个战车师团、10个独立混成旅团、11个独立步兵旅团、8个野战补充队、1个骑兵旅团、1个特别警备队、1个防卫队。其具体变化情况如下：
1、华北方面军
1944年初，日军为支援其在太平洋战场的作战，于1月下旬决定将华北方面军第12军之第32、第35师团调往南方。并于3月10日将第35师团编入第31军，4月4日将第32师团编入第14军。
2月间，华北方面军为了抽调兵力参加打通大陆交通作战时，确保其占领地的警备任务，先后组成第1、2、3、4、9、10、14等7个独立步兵旅团及第12野战补充队。并分别将第3、10、14独立步兵旅团编入第1军；第1、4、9独立步兵旅团编入第12军，第2独立步兵旅团及第12野战补充队编入方面军直辖。
3月31日，大本营陆军部下令将华北方面军直辖的第110师团、驻蒙军战车第3师团、第1军第37、52师团编入第12军战斗序列。隶属指挥转移时间为4月5日零时。
5月31日，第12军之第37师团调归中国派遣军直辖，该师团于7月初进驻信阳，8月26日，编入第6方面军第11军战斗序列。
7月4日，日军将驻蒙军第26师团及第12军第62师团调归大本营直属。15日，大本营将第26师团编入第14军战斗序列。该师团于19日从大同出发，8月8日由釜山乘船开往菲律宾。7月24日，大本营将第62师团编入台湾军之第32军战斗序列。该师团所担负的鲁山、襄城附近的警备任务移交给战车第3师团，8月16日由吴淞港乘船开往冲绳。
日军为补充其在华北兵力的不足，于7月10日下令将独立混成第7旅团、独立步兵第3、4、9旅团改编为第115、114、117、118师团。并于7月17日将第114师团编入第1军；第115、117师团编入第12军；第118师团编入驻蒙军战斗序列。上述各师团均为丙种师团，编制定员为13045人。
到1944年12月止，华北方面军的战斗序列如下：司令官下村定中将（8月25日前由冈村宁次大将任，11月25日前由冈部直三郎大将任），参谋长高桥坦中将（10月14日前由大城户三治中将任），副参谋长冈田重一少将（8月1日前由德永鹿之助少将任），司令部设北平，下辖第1军（辖第69、114师团，独立混成第3旅团，独立步兵第10、14旅团）、第12军（辖第110、115、117师团、战车第3师团，骑兵第4旅团）、驻蒙军（辖第118师团、独立混成第2旅团、第12野战补充队）、方面军直辖第59、63师团、独立混成第1、5、8、9旅团、独立步兵第1、2旅团。共计8个师团，6个独立混成旅团，4个独立步兵旅团，1个战车师团，1个骑兵旅团，1个野战补充队，1个特别警备队。
2、第6方面军。
1944年初，日军在准备抽调第11、23军的主要兵力参加打通大陆交通线作战时，为补充其占领地兵力的不足，于2月间先后下令编成独立步兵第5、7、8、11、12、13旅团、第1、2、5、9、10野战补充队。并分别将独立步兵第5、7、11、12旅团、第1、2、5、9、10野战补充队编入第11军，将独立步兵第8、13旅团编入第23军战斗序列。
2月1日，大本营下令将第13军之第116师团调归第11军；第22师团调归第23军。同日，将关东军第27师团调归第11军（该师团在由锦州地区向华中行进期间，在华北方面军指挥下，参加了京汉线作战，5月到达武汉，归第11军战斗序列）。3月31日，将第13军之第64师团调归中国派遣军直辖（该师团在第11军指挥下作战，7月25日编入第11军战斗序列）。
7月17日，大本营下令编成第34军（武汉防卫军），接替第11军担负武汉地区的管备。同时将该军编入中国派遣军战斗序列。
为了统一指挥打通湘桂线的作战，中国派遣军向大本营提出在湖南方面设立一个方面军的意见。此意见为大本营所采纳，决定在湖南成立第6方面军。8月26日，大本营下达第6方面军的战斗序列，任命华北方面军司令官冈村宁次大将为第6方面军司令官（11月22日冈村宁次任中国派遣军司令官后，第6方面军司令官由冈部直三郎接任），宫崎周一少将任参谋长（宫崎周一不久晋升为中将，而于12月14日调任参谋本部第一部长，其参谋长之职由唐川安夫少将接任）。下辖第11军（第3、13、34、37、58、116师团）、第23军（第22、104师团，独立混成第19、22、23旅团，独立步兵第8、13旅团）、第34军（第39师团，独立混成第17旅团，独立步兵第6、7、11、12旅团，第5、9、10野战补充队），方面军直辖第27、40、64、68师团。
1944年9月，第11军主力进入广西省境内作战，对其留在湖南的部队指挥感到困难。为此，第6方面军提出增设一个军司令部的设想，得到大本营的同意。9月28日，大本营下令将关东军第20军司令部调归第6方面军属下。10月19日，大本营下达第20军战斗序列，任命坂西一良中将为该军司令官，下辖第27、64、68、116师团，第1、2野战补充队。11月8日，又将岩本支队（由第13军第11野战补充队一部为基干编成，7月底在第11军指挥下）编入该军。
到1944年12月止，第6方面军的战斗序列如下：司令官冈部直三郎大将，参谋长唐川安夫少将，副参谋长天野正一少将，司令部设汉口。下辖第11、34、20、23军，共计13个师团、4个独立混成旅团、6个独立步兵旅团、5个野战补充队。
3、第25军（兼香港占领地总督部）。
司令官田中久一中将（兼香港总督），参谋长鹈泽尚信少将（兼香港总督部参谋长）。该军于1944年2月1日新编成独立步兵第8旅团；2月15日新编成独立步兵第13旅团，2月1日，大本营将第13军第22师团编入该军战斗序列（第22师团原属第13军）；8月26日第6方面军成立后，该军被编入第6方面军战斗序列。11月14日，该军司令部移至广西来宾县，参加了攻占南宁的作战。攻占南宁后，根据大本营的命令，第22师团留在广西，归第11军司令官指挥，其余部队于12月上旬均撤回广东。12月11日，根据大本营的命令，军司令官兼香港总督，军参谋长兼香港总督部参谋长。同日，大本营命令香港防卫队编入第6方面军战斗序列，并配属第23军。
经过上述变动，至1944年12月，第25军辖第22、104师团，独立混成第19、22、23旅团，独立步兵第8、第13旅团，香港防卫队（配属）。
4、第13军。
第13军自编成以来一直在江苏、浙江、安徽等省担负警备任务。为进行打通大陆交通线的作战，大本营于1944年2月将该军所辖的第116师团调归第11军；将第22师团调归第23军。3月31日，大本营又将第64师团调归中国派遣军直辖（第64师团于7月25日正式编入第11军战斗序列）。为了弥补第13军兵力的不足，大本营于1月下旬和2月下旬先后将新编成的独立步兵第6旅团，第4、第11野战补充队编入第13军战斗序列。5月下旬，第11野战补充队派出大部兵力组成岩本支队参加打通湘桂线作战，并归第11军指挥，第11野战补充队仅余1个大队的兵力。到1944年12月止，第13军战斗序列如下：
司令官永津佐比重中将（原司令官下村定于1944年3月调任西部军司令官，11月又任华北方面军司令官），参谋长山本敏少将（1944年11月22日任职）。司令部设上海，下辖第60、61、65、70师团，独立步兵第6旅团，第4、11野战补充队。
5、第5航空军的编成。
1944午3月10日大本营命令将第3飞行师团司令部改编为第5航空军司令部。15日，大本营下达第5航空军司令部战斗序列，并将其编入中国派遣军属下。按照这次编成的命令，第5航空军司令官下山琢磨中将、参谋长桥本秀信少将。下辖第1飞行团团长小林孝知大佐、第2飞行团团长林三郎大佐。为增加中国战场的空军力量，1944年6月26日，大本营又将第8飞行团司令部从新几内亚调入中国。8月17日，又从国内增派飞行第22、60战队，从台湾派飞行第29战队等进驻中国。至1945年3月，第5航空军的战斗序列如下：
第5航空军司令官下山琢磨中将，参谋长中西良介少将（原参谋长桥本秀信少将于1944年10月2日调任南方军第9师团长），司令部设南京。