在汉城，李承晚总统认为，关于三八线不可侵犯性的讨论毫无意义。9月19日，他在釜山举行的一次群众集会上宣布说：“我们必须推进至‘满洲’边境，直到我们国家没有一个敌军士兵为止。”他全然不顾联合国军司令部的决定，“我们不会止步不前”。
麦克阿瑟直言不讳地支持李承晚担任一个统一的朝鲜的总统，然而国务院的态度并非如此。9月初，国务院请麦克阿瑟说明夺回汉城后他打算怎样对待李承晚。
人们在这个问题上必须对麦克阿瑟表示同情。他收到的来自联合国和华盛顿的指令都在说“恢复”和平与安全；艾奇逊甚至公开说过美国作战的“唯一目的就是让大韩民国恢复到入侵之前的状态”。可想而知，麦克阿瑟满腹牢骚，他答复说：“我不是很清楚你们来电所指何意，但是我除了一丝不苟地执行我已收到的指令外，别无其他任何计划。”他打算——这也是穆乔大使所同意的——尽快使李承晚重返汉城。他并不认为恢复一个即便被赶出首都但仍在行使职能的政府，应该被说成是“重建”。
但国务院仍不满意，说它只同意在南方恢复韩国的权利，北方的未来有待联合国的行动。杜鲁门同意国务院这一补充意见，这个意见也体现在参谋长联席会议9月27日发给麦克阿瑟的、基于国家安全委员会第81/1号文件精神的正式命令之中。电报最为重要的部分是开头两段。
本命令……旨在……提供关于你在朝鲜采取进一步军事行动的详细指令。然而，这些指令可能需要根据事态的发展加以修改，因此不能认为它们是最后的指令。为此，你要继续做出特殊努力，以确定中国或苏联是否对实现你的目的构成威胁，并将有关情况速报参谋长联席会议。
你的军事目的是摧毁北朝鲜的武装力量。为达此目的，授权你在朝鲜的三八线以北进行军事行动，包括两栖登陆和空降或地面行动，只要在采取这种行动的时候没有苏联或中国共产党的主力部队进入北朝鲜，没有发表要进入北朝鲜的声明，也没有威胁要对我们在北朝鲜的行动进行军事反击。然而，无论在任何情况下，你的部队都不准越过朝鲜与“满洲”或与苏联的边界，出于政策上的需要，在与苏联接壤的东北地区或在沿“满洲”边境的地区，不得使用非朝鲜人的地面部队。再者，对于你们在三八线南北作战的支持将不包括对“满洲”或对苏联领土的空军或海军行动。
命令继续说，在苏联军队的“主力”介入朝鲜北部，或者苏联或中国共产党的军队在南部参战的情况下，麦克阿瑟都要采取守势，并向华盛顿报告。（“主力”一词只适用于苏联人。据知，北朝鲜军队中有很多士兵以前曾在中共军队当兵，还有很多人原籍不明。敌军士兵中来自中共军队的人被俘的概率还是很高的。虽然参谋长联席会议的公开文件对此缄口不言，但是五角大楼却不希望这些身份错位者的存在影响向北进军。）该命令最后授权麦克阿瑟“促进恢复”韩国政府，但又要他避免卷入有关北方政治前途的问题。
参谋长联席会议发布密令的当天（9月28日），发自远东的新闻报道中援引的沃尔顿·沃克的话却令人迷惑不解。沃克的话大意是，第8集团军要在三八线停止前进，以等候对追击败退的北朝鲜人的许可。当麦克阿瑟被问及此事时，他否认沃克曾说过这样的话。但这条消息却引起了一场小小的政治风波。参议院共和党领袖、参议员威廉·诺兰指责说，不穷追猛打入侵者就是“姑息共党分子”。报纸社论都坚决支持摧毁这个共产党卫星国，以防止再度爆发战争。
但是，三八线一事给美国在国际上造成了问题。那些曾被秘密告知国家安全委员会第81/1号文件中约束性内容的盟国驻联合国大使，都支持把战争打到北朝鲜及统一朝鲜。英国外交大臣欧内斯特·贝文公开要求结束朝鲜“人为的分裂”。尽管如此，美国却不希望就是否应突破三八线这个直截了当的问题冒险在联合国投票。苏联人已经回到了安理会，他们肯定会投否决票。国务院认为，一张否决票会使在三八线以北采取任何行动的合法性丧失殆尽。杜鲁门政府因此决定避开这个问题，不声不响地去干应该干的事。9月29日，马歇尔将军给麦克阿瑟发去了一份仅供他个人阅知的电报：
我们希望你可以在战术上和战略上感觉不受约束地向三八线以北推进。前面提到的声明（即韩国军队也许要停下来“重新部署”）因为需要联合国对越过三八线一事进行投票，从而可能陷于窘境，这还不如由你来发现军事上这样做的必要性。
次日，麦克阿瑟回电说，他“一直在提醒沃克不要搅在与三八线这个词有联系的事情里”，而且他还继续坚持他肆意发挥授权的那些说法：
在我们力量的军事使用方面，三八线并不成为考虑因素。我们部队的后勤供应是主要问题，这使我们不能立即推进。为利用敌军的失败，我军在采取试探性行动或在战术上利用现地地形时，在任何时候都可能越过三八线。我对北朝鲜的整个战略计划（分开使用第8集团军和第10军这两支纵队）你们已经知悉。除非并且直至敌人放下武器，我认为我们可以在朝鲜全境采取军事行动。