在战争的第一个星期，杜鲁门总统除了要应付节节败退的战局外，还得处理两个与战争有关的重大问题：一是麦克阿瑟将军惹出的对台湾政策的争论，二是以解除路易斯·约翰逊国防部长职务而告结束的一场严重争执。第一个问题最为关键，因为这是将军与他的华盛顿上司之间长达数月争斗的第一次交锋。
以下是一些背景情况。蒋介石从中国大陆逃到台湾以后，杜鲁门政府设法与国民党政府保持一种融洽但又有距离的关系。美国在40年代曾给予蒋介石数十亿美元的军事和经济援助，结果一无所获。1949年12月，迪安·艾奇逊向《时代》周刊非正式透露说：“现在我们必须疏远中国国民党人。如果我们站在台湾这边（指继续支持蒋介石），那么就很难做出这一必要的决裂。”在1949年12月29日举行的国家安全委员会会议上，杜鲁门决定不再向台湾提供物质援助，并且在共产党人试图夺取该岛时采取“不插手”的态度。
这项决定使麦克阿瑟大为不满，有几个原因：他把台湾看作是保卫日本的一个必要因素，这是他从太平洋战争中所吸取的教训；他佩服蒋介石；他不再愿意坐视共产党在亚洲侵吞更多的地盘。麦克阿瑟通过与访问者的谈话表明了自己的观点，他把台湾看作是“一艘不沉的航空母舰”，美国失去它将后患无穷。
朝鲜战争爆发时，杜鲁门修改了对台湾的政策，采取了谨慎的双轨路线。在6月28日他授权麦克阿瑟在朝鲜使用军队的训令中，也命令第7舰队保护台湾免遭进攻，但同一个训令也要求第7舰队阻止蒋介石进攻大陆。这项命令在军事上没有什么意义，因为1950年夏季，第7舰队只有1艘航空母舰、1艘重巡洋舰、1艘轻巡洋舰以及12艘驱逐舰——这样一支“舰队”要负责防卫整个东亚。正如翌年5月艾奇逊在参议院听证会上所承认的，由于舰队承担在朝鲜作战的任务，因此，它将无力阻止中国共产党人夺取台湾。
但部署一支虚幻的力量具有象征意义。外交史学家福斯特·雷亚·杜勒斯认为，杜鲁门在台湾周围划定的这条防御线对共和党人是一个必要的安慰，他们长期以来一直鼓吹需要这样一个屏障。杜勒斯称这项决定是赢得必不可少的两党支持干预朝鲜的“一个决定性因素”。然而，据印度驻北京大使潘尼迦说，中国共产党人认为，美国在台湾的行动对他们的安全构成了……“直接威胁”。
但麦克阿瑟却认为，杜鲁门的命令“太便宜了”中国共产党人，使他们无须在台湾对面集结大批军队防止蒋介石的入侵了。麦克阿瑟要求不要公开美国的这一政策，让中国共产党不知所措。
但麦克阿瑟却支持杜鲁门有关蒋介石的另一项决定。在战争头几天，蒋介石提出派三个师到朝鲜作战，被杜鲁门婉言谢绝了。杜鲁门希望不要把台湾同朝鲜战争扯在一起，他知道接受国民党部队会给英国人带来麻烦，因为他们得以保留香港这块殖民地仅仅是由于共产党的容忍。最后，他认为蒋介石的部队没有什么军事价值。麦克阿瑟同意后一种观点：装备国民党部队并把他们运送到千里之外既费钱又费时，而且没有理由认为他们在朝鲜会比在中国大陆打得更好。况且，抽调出蒋介石提供的3.3万人，会使台湾经不起攻击。杜鲁门想说的很清楚：任何有关台湾的权宜行动绝对不能影响长远的政策。总统在7月19日发表的一项声明中说：
当前台湾在军事上的中立不会损害与该岛有关的政治问题。我们希望台湾不要卷入危及太平洋安全的敌对行动，一切有关台湾的问题均应如联合国宪章所期望的以和平方式加以解决。
随着和平的恢复，甚至连最棘手的政治问题也可以得到解决。然而在野蛮无端的侵略面前，从整体的根本安全利益出发，一些问题还须暂时搁置。
尽管如此，杜鲁门依旧担心中国共产党人会随时进攻台湾（几个月来，中央情报局和威洛比将军在东京的G-2一直在预言会发生入侵）。7月下旬，情报部门的报告说，在台湾对面集结了一支约20万人的共产党部队，尽管台湾有美国的保护屏障，但这支部队足以取得进攻的胜利。7月28日，国防部长约翰逊和参谋长联席会议主张允许蒋介石在台湾和中国大陆之间的水域布雷，并轰炸共产党的集结地域。艾奇逊成功地否定了这两个主张，认为这是“毫无可能”的。杜鲁门的最终决定是，派遣一个调查小组前往台湾，以拟出一项增加军事援助的具体计划。
7月29日，参谋长联席会议就可能为台湾采取的“防卫措施”征求麦克阿瑟的意见，同时拐弯抹角地提到，布雷和轰炸两项行动已在两天前的国家安全委员会会议上被否决。参谋长联席会议还告知麦克阿瑟关于派调查小组去台湾的事。麦克阿瑟在回电中极力赞成轰炸和布雷，说这样就可以平息许多国民党军官对美国的“强烈不满情绪”，并且可以终止敌方“军事上的明显优势”，而这个优势是由于美国对蒋介石加以限制造成的。他还宣称他打算于7月31日亲自前往台湾视察防务，并且亲自向蒋介石解释不使用其部队的理由。参谋长联席会议建议麦克阿瑟考虑另派一名高级军官前往，但电文的结尾却是：“请便，这是你的职权”。（麦克阿瑟的下属考特尼·惠特尼将军说，麦克阿瑟认为这句话中含有两层意思——是国务院而不是参谋长联席会议对此行有保留意见，但参谋长联席会议语焉不详地告诉他：“放心去吧！”）
因此，麦克阿瑟如期前往。引人注目的是，随行人员中未包括美国驻东京高级外交官威廉·西博尔德。麦克阿瑟对西博尔德说，此行只谈军务，因此他无须同行，他抛头露面会带有“政治含义”。（疑心重重的艾奇逊认为这明摆着是一个花招，是不让国务院了解会议情况。）
国民党人在机场给麦克阿瑟以隆重的欢迎。麦克阿瑟同蒋夫人同车并行，并称她的丈夫是“我在上次大战中的老战友”。惠特尼感到“惊讶的是”，尽管他俩抗击共同敌人，但是多年来从未见过面，然而交谈起来却仿佛是多年老友。
不幸得很，两人的会谈成效甚微。他们共同审视地图，沿着海滩漫步，蒋介石比比画画地指向中国大陆。麦克阿瑟确实不得不强调一点令人不快的消息：如果蒋介石进攻大陆，第7舰队将奉总统之命予以制止。惠特尼后来写道，会谈的主要成果是：麦克阿瑟不仅对当地军事形势，而且对国民党人所收集到的有关大陆的情报有了一个“基本了解”。访问以丰盛的宴会和相互过分恭维的祝酒而告终。
次日，麦克阿瑟在他东京办公室发表声明，对杜鲁门早些时候关于美国打算保卫台湾防止共产党进攻的声明（文字简明扼要但经过深思熟虑）横加发挥。麦克阿瑟一开始就巧妙地说：“在当前的形势下，该岛包括附近的澎湖列岛不会遭到军事入侵。”他接着又说，他同蒋介石探讨了关于“迅速并且慷慨地提供”国民党部队到朝鲜作战的事宜，但两人一致认为，派遣部队“可能会严重削弱台湾本身的防御。目前已就我指挥的美国部队和国民党部队之间的有效协同做出了安排，这是对付一个敌对势力企图发动进攻的上乘之策”。麦克阿瑟最后对蒋介石大加颂扬：“他抵御共产党统治的不屈不挠的决心令我肃然起敬。他的决心同美国人的共同利益和目标并行不悖，那就是太平洋地区的人民都应自由，而不是被奴役。”
杜鲁门和艾奇逊觉察到麦克阿瑟的台湾之行有着潜在的麻烦，特别是当在东京“提供背景材料的人士”开始透露细节时更是如此。《时代》周刊在那里采访到一位“可靠人士”，他以权威的口气说，麦克阿瑟“相信”，朝鲜战争将会毫无作用，除非美国愿意“对共产主义在亚洲抬头的任何地方”予以打击，即使这意味着要支持蒋介石、香港的英国人，以及支持印度支那、暹罗（泰国）和缅甸的反共分子，“没有如此坚定果断的行动必将招致共产主义席卷整个亚洲”。早在4月份，国家安全委员会就已经确定了这一系列行动方针（不包含支持已经垮台的蒋介石政权），不过，细心的读者可以从这番话中得出这样的结论，亚洲是杜鲁门政府“对共产主义心慈手软”的又一例证。
麦克阿瑟对引起的混乱佯装“吃惊”，他把责任都推到联合国内和其他地方一些对他进行“习惯性批评的人”身上，说他们“对苏联和红色中国姑息纵容”，他还指责“美国内部的某些集团”。他在倾听几天批评之后发表了一项“调解”声明，实际上是向对他提出异议的人士进行恶毒攻击。他说，台湾之行——
被那些一直鼓吹在太平洋地区采取失败主义和绥靖政策的人们向公众恶意地歪曲了。我希望美国人民不要被那些狡猾的暗示、轻率的推测和一贯出自匿名来源的虚伪陈述引入歧途，这些都是由那些离实际事件十万八千里的人在国内和国际上阴险地灌输给他们的。
麦克阿瑟的声明危言耸听，含沙射影，本身就是一篇蛊惑人心的杰作——政府如果不解除麦克阿瑟的职务就无以应对。
8月5日，参谋长联席会议通知麦克阿瑟说，总统已经否定了他们对中国大陆采取防御性袭击的建议，这使麦克阿瑟越发觉得他与杜鲁门有了隔阂。如果国民党人企图发动这样的进攻，麦克阿瑟应该予以制止。电报说，“除总统外……任何人无权”批准这类袭击，“至高无上的国家利益要求我们，我们的行动应避免触发全面战争，或不要给别人以发动战争的借口”。
惠特尼注意到，麦克阿瑟在阅读电文时，“即便没有大吃一惊，也有可能是感觉受到侮辱”。最初的袭击建议是由参谋长联席会议拟定的，麦克阿瑟是在被征求意见时表示赞同，他并没有暗示过要未经总统同意就执行这些建议。正如惠特尼表达的那样，麦克阿瑟的营垒认为，“从现在起，将军必须小心谨慎，当华盛顿的上司征询意见时，不要轻易发表坦诚的见解，甚至是在军事问题上”，因为如果他建议采取另一种行动，他就会被“指责为以威胁的方式使自己的建议付诸实施”。麦克阿瑟的回电表明了他的愤怒之情：他说他完全理解总统“保护共产党大陆”的决心。