1948年8月，美国的占领正式结束，约翰·穆乔大使到任履新，这两件事加强了美国在南朝鲜的新作用。穆乔那年夏天48岁，他从1921年就开始了外交生涯，大部分时间在拉美和远东任职。穆乔是一个粗犷而英俊的单身汉，同事们说他对女人和威士忌都有高雅的品位（“他是一个风流老手，”有人这么说，“你跟他去一个酒会，看他跟那些女人眉来眼去的架势，你就明白他可能跟在场的相当数量的女人上过床。”）穆乔与军方颇具情谊，他能够与下级军官们一同饮酒闲聊，男子气概十足，与那些温文尔雅的外交官们截然不同；职业军人往往把那些外交官贬为“光屁股的社交油子”。
穆乔一到达这个国家，几乎立刻就受到喜怒无常的李承晚的炮火洗礼。驻大韩民国高级军事长官约翰·库尔特少将正在设法进行谈判，准备签订一项由美国向大韩民国提供军事援助的条约。 简言之，李承晚要的是钱和装备，但是不准许美国控制装备的使用。他十分乐意美国人到他的军队里担任“顾问”，但是不愿意在援助协定中出现“顾问”的字样。一旦如此，就会给人一种他依附于美国的印象。美国做了让步，将“顾问”一词从协定中删去，不过穆乔在另一个问题上却寸步不让。美国希望在撤军期间继续控制韩国军队，特别是三八线沿线的部队，以防止北朝鲜的突然进攻。李承晚对此表示反对，但是无济于事。
这些回合虽然很痛苦，但也令穆乔对李承晚多了几分欣赏。他与这位韩国总统意见有分歧是家常便饭，而且经常事后令人沮丧，但是他至少对此人有所理解：
李承晚以一种相当于打游击的方式奋斗了如此之久，以致等到他最后正式当选为朝鲜总统时，已经垂垂老矣。……他已经不能从……他那革命家的本能转变成一个受到正式认可的国家首脑。当他的思维框架合乎逻辑时，他具有出色的历史观。……但是当他情绪激动时，他又回到他那种长久以来作为一个个人求生自保的本能上去。……
穆乔与李承晚的交往越来越深，终于转而支持韩国希望美国军队继续留驻的请求。这个有争议的问题占去了1949年头几个月的时间，国务院和国防部在这个问题上各自背离了他们本应发挥的作用——外交官要求美军留驻朝鲜，将军们则认为应该立即撤军。国务院通过远东事务科的沃尔顿·巴特沃思提出，1949年共产党在中国的胜利使人们必须用一种新的观点看待朝鲜：中国人现在有能力支持北朝鲜夺取韩国。他谈到一种“日益确定的想法……苏联现在决心尽早地动手摧毁（韩国）新政府。……”
陆军部副部长小威廉·德雷伯说，从军事角度看，南朝鲜对美国依然“没有什么战略利益”可言，驻军只会招惹麻烦。此外，陆军没有为1949年以后在朝鲜驻军编制预算。
国家安全委员会（和杜鲁门）经过几个月的研究后倾向于军方的意见。1949年3月23日由杜鲁门批准的国家安全委员会第8/2号报告强调指出，美国有必要帮助韩国人建立自己的军队，北朝鲜入侵的危险“在可预见的将来每时每刻都存在着”。国家安全委员会列举了人们的担忧，即美国部队“在大规模猛烈进攻面前，要么被消灭，要么不可避免地抛弃朝鲜。无论出现哪种情况，都会严重损害美国的声誉”。国家安全委员会确定1949年6月30日为撤军的最后时限。韩国人将得到6个月的补给，美国顾问将帮助他们建立一支至少拥有6.5万人的军事力量。
国家安全委员会得出这一结论的意义在于，它表明政府在三年的时间里第二次决定反对美国在南朝鲜进一步发挥军事作用。国家安全委员会的工作人员几个月来经过缜密的研究，做出了上述各个决定。不过我们将会看到，到了1950年6月，美国的政策在短短的24小时内发生了180度的转变。
穆乔在华盛顿出席了有关撤军问题的最后几天的讨论，然后肩负着要使李承晚对决定称心满意的使命返回了汉城。他要求“在我有机会忽悠李承晚”之前先不要声张。穆乔决计给这位韩国总统下一个套：
我返回朝鲜以后做的第一件事，是向李承晚指出新建立的韩国保安部队所取得的巨大进步（他们是取得了不错的进步）。
李承晚很快就连连欠身，并且当着众人之面夸耀他的小伙子们干得漂亮，可以控制局势。等到他一这样公开表态，我就开始忽悠他。“是啊，现在是撤出我们部队的时候了。”他气愤至极，但已是覆水难收。
不过，李承晚可以利用美军撤离作为条件，索要远远超过华盛顿将要（或能够）提供的武器。他希望建立一支拥有2个战斗机中队和1个轰炸机中队的“正规的空军部队”，共有30架P-51战斗机和12架B-25轰炸机，以及2艘护航驱逐舰、2艘潜艇、5艘扫雷舰和若干艘支援舰只。他希望建立一支10万人的陆军部队，外加5万人的预备役部队，所有这些部队都要配备现代化的美国装备。这些要求一概遭到美国的拒绝。随着6月30日撤军时限日益迫近，李承晚突然间又耍了一个新花招，他要公开给美国一个难堪。
李承晚在一项公开声明中怒气冲冲地指责美国人抛弃了他的国家。他还说，若不是美国人的缘故，北方就不会存在共产党分子，“由于俄美之间的协定……我们的国家被分割……才把他们请来了”。通常镇定自若的迪安·艾奇逊要穆乔警告李承晚，如此泄愤将会危及美国未来的援助。艾奇逊发去电报说，李承晚“应该丢掉他的幻想，即我们会愿意付出任何代价来获得他的赞同。……”
李承晚哑然无声了。5月17日，他邀请穆乔会见他的内阁成员，韩国政府这才第一次获悉，最后一批美国部队“将在未来几周内”撤离。李承晚提议建立一个类似北大西洋公约组织那样的太平洋条约组织，他恳求他的国家在万一遭到侵犯时能够得到保护。
穆乔不能做出任何承诺。最后一批美军按期于6月30日乘船撤离，唯一留在南朝鲜的美国军人只是一支小小的顾问团。