唐生智的这个决策在当时是比较明智的。南京是座江城，这么多部队要渡江，加上难民，缺乏足够船只，而城外虽布满日军，但是空隙仍然非常大，同时大规模反向突围，日军也难以料及。
问题是此时军心已寒，大数人还是想往后逃。唐生智自己也不是没有漏洞，他千不该万不该，在发完书面命令后，又画蛇添足般地向参战的中央军部队传达了口头指示：“如不能全部突围，有轮渡时可过江，向滁州集结。”
命令的严肃性一下子降低了，也再次显示出由于不是自己的嫡系部队，唐生智在掌控部队方面确实存在不小的问题。因为有此一说，除粤军大部奉令向城外突围外，其余部队包括七十四军在内，都自行选择了过江到滁州集结。
按照俞济时的嘱咐，王耀武将七十四军残部分成两拨，一拨在八卦洲附近绑扎木排，一拨赶到下关码头坐船。当王耀武亲自率部准备前往下关时，却遭到了三十六师的拦阻，该师按照唐生智的命令，阻止各部队向下关撤退，并不断开枪示警，子弹从头顶唧唧地飞过。
看到这一情形，不少官兵又气又急，有的说我们没有叫日本人给打死，倒很有可能死在自家部队的枪下，真正是冤枉，还有的干脆提出跟三十六师对打，说不准还能挤出一条求生之路。
眼看无法通行，王耀武深怕再耽搁下去会过不了江，便决定绕道前往挹江门。行进途中，人喊马嘶，乱到了极点，各部队都有很多遗弃的伤兵，其中勉强能够行走的，才能自己拄着棍子前往下关。这种情景是很让人痛心的，因为这些被遗弃的伤兵都只会面临一个结局，那就是被日军杀害。有的伤兵愤怒地骂道：“你们都逃了，把我们甩在这里。早知如此，谁肯打仗！”
王耀武只能装作充耳不闻。到了挹江门，他看到城门只开了一扇，人多门窄，极为拥挤，有的驮马在经过时被挤倒踩死了，但没有人顾得上将地下妨碍行走的马车拉开。每个人脸上都充满了无限的惊慌和狼狈。这个时候没有英雄，只有一种本能的求生欲望在胡乱地冲撞着人们的内心。
挤过鬼门关，王耀武总算来到了下关江边。码头上已经塞满了人，但江面上的船只却很少，而且那些船都是被早有打算的部队预先占用了的。无船的人急得像热锅里的蚂蚁一样到处乱蹿，他们见船就抢，为了争夺船只或木排，甚至相互开枪射击。实在抢不到船的，便利用一块门板或圆木横渡长江，连这个都弄不到的，便只好化装隐藏到老百姓家里去。
许多士兵，包括那些可怜的伤兵，都跟留在南京城内的老百姓一样被遗弃了，他们将任由日军屠杀。在中国的五千年历史中，这样的例子不胜枚举，基层的人民总是自觉或不自觉地被推到战火的最前沿，但是到最后，第一个被抛弃、被牺牲掉的又往往是他们，这不能不说是一个民族丑陋的阴暗面。
江岸上的王耀武叫天不应，唤地不灵，正在着急，军部的一名联络副官给他带来了救命信息。
原来俞济时在预感到战事不利时，就通过族叔、交通部长俞鹏飞的关系，为部队准备了一只用于接送的小火轮。这只诺亚方舟式的小火轮每次可装送三百多人，俞济时等人已经乘小火轮过江了。
王耀武急忙用小火轮抢运部队。抢运了一夜，至12月13日凌晨，日军对长江进行封锁，日舰在下关八卦洲的江面上横冲直撞，被炮火打死以及被军舰撞翻后淹死的军民不计其数，小火轮再也无法过江接人了。
南京沦陷，随之而来的便是惨无人道的大屠杀。这是一次有组织的屠城，并且在日本军人中有着极为深厚的心理基础。战前关东军参谋、后来干到陆军省兵务局长的田中隆吉毫不掩饰地对别人说：“你把中国人看作是人，而我把中国人当作是猪，无论怎么处置都可以！”
正因为统帅层有“中国人是猪”的想法，所以从登陆上海起他们就有令在先：“不管女人、小孩，是中国人统统要杀，房屋全部烧毁。”下级士兵你行我效，也养成了“强奸、掠夺、胡作非为”的倭寇作风。
南京屠城只是这种变态心理的一次集中爆发。由于被视为“猪”的中国人实施了顽强抵抗，更进一步刺激了他们的复仇情绪。一位记录“南京百人斩竞赛”的随军记者在东京审判时承认，他当时的神经已处于麻木状态，“每当看见眼前大批倒下的日军战死者，就会腾起一种一心想对敌报复的复仇心，就会闪出嗜虐心理”。
连新闻记者都是如此，一般日军官兵更把屠杀视为理所当然之事。驻扎于下关的日军用铁丝网把战俘每十人捆成一捆，然后推入井中泼油烧死。野兽们把这种杀人方法叫作“勒草包”，认为“杀时有种像杀猪一样的感觉”。
良心未泯和胆小者则深感惊恐不安。有人在经历残酷的斩首场面后，当天晚上就会失眠，而且一闭上眼便能看见离开躯体的脑袋飞向空中，滴溜溜地旋转着。此后三四天过去，同样的噩梦仍旧辗转不去。