根据中央军委及第四野战军的指示，第15兵团经过1个多月对情况的了解和研究，初步形成了进攻海南岛的决心和实施方案。1950年2月1日至2日，中共华南分局第一书记叶剑英和邓华、赖传珠，在广州主持召开作战会议。
参加会议的有：洪学智、第12兵团副司令兼第40军军长韩先楚、第43军军长李作鹏、政治委员张池明以及琼崖纵队副司令员马白山、参谋长符振中等人。
会议分析研究了敌我双方的形势和战役特点，认为国民党军虽有10万余众，但士气低落，战斗力不强，并且处于环岛防御和同解放军与琼崖纵队两面作战的情况下，兵力相对分散，短时间内难以集中优势兵力同解放军作战；解放军在全国胜利的鼓舞下，士气高昂，战斗力很强，并有琼崖纵队的配合接应，岛上有根据地、游击区可以立足，回旋余地大；海南岛海岸线长，登陆点多，国民党军防不胜防，便于解放军偷渡和强渡与琼崖纵队形成里应外合之势。
然而，国民党军虽然战斗力弱，却有琼州海峡天险与海、空军配合作战，具有相当优势，不可轻视；解放军虽战斗力强，却船只不足，无渡海作战的经验，无海、空军配合和对付国民党军飞机、军舰的有力武器，在渡海未登陆之前还形不成战斗力。
在这种情况下，解放军如何乘木帆船渡过琼州海峡并打破国民党军的海、空封锁，即成为海南岛战役成败的关键。
围绕这一问题，在会议讨论中，大家觉得，只有夜间大批偷渡，敌人不易发觉，才可使敌机、敌舰无法发挥作用。海南岛比较大，登陆点多，又有琼纵接应，小批偷渡是可以上去的。只要上去几批与琼纵会合，增加岛上力量，就能接应我军主力大规模强行登陆。
因此，会议最后确定了渡海作战采用“积极偷渡，分批小渡与最后登陆相结合”的战役指导方针。会议同时决定：第40、第43军在农历年前争取各渡过1个团，取得经验，以利再战；为加快航速、减小损失和风潮的影响，渡海工具以改装机帆船为主。
按一次载运3万人计算，准备改装机帆船600只，修理及购买登陆艇30艘。这一工作须在5月前完成，6月即发起大规模登陆作战。由于国民党军白天以飞机轰炸雷州半岛，夜间以军舰巡逻琼州海峡，建议第四野战军增调高射武器和重炮于海峡沿岸地区，掩护船只和部队训练。
会议结束后，第15兵团将会议确定的作战方针和实施计划上报第四野战军和中央军委。第43军则准备以1个团先行偷渡。
2月10日，林彪、邓子恢等人致电中央军委并转毛泽东：“据邓华、赖传珠来谈：海南岛作战，我军如一次以一个军登陆，则船只问题极难解决，同时又无法对付敌之海空军扰乱。因此，他们建议在此时间内，先行以偷渡的办法，到达海南岛后即与冯部会合，打小规模的运动战与游击，然后大部队再设法渡海。”并表示：“我们同意43军一个团先行渡海，并亦同意其他部队寻机陆续渡海”。
12日，毛泽东在苏联复电林彪：“同意43军以一个团先行渡海，其他部队陆续分批寻机渡海。此种办法如有效，即可能提早解放海南岛。”（《建国以来毛泽东文稿》第1册，中央文献出版社1987年11月第1版，第259页）