金门战役失利，是“解放战争以来的重大损失”。解放军两批登陆部队（3个多团9000余人）6000人英勇牺牲，3000人被俘。国民党军伤亡7000余人。蒋经国战时由台北飞往金门“劳军”，也不禁哀叹战场印象：“俯瞰全岛，触目凄凉”，“遍地尸体，血肉模糊”。（《蒋经国自述》，第298页）
三野在检讨失利原因时指出：此次金门战役失利，“不是由于敌人的强大或顽强，而是由于指导思想上（重厦不重金）、（轻敌急躁），缺乏细致的组织工作与技术上的充分准备，受气候变化及地理条件的影响，后续部队不能继续渡海登陆，以致众寡悬殊，而有此惨痛结果”。（《第三野战军政治部关于金门战役失利后的政治工作指示》）
具体来说，主要原因有：
第一，准备工作失策。
第10兵团司令员叶飞回忆说：“事后表明金门尚未解放之时，我即将兵团部移驻厦门，这是一个失策，因为这影响了解放金门的准备工作。”之所以发生这种失策，“这是因为轻视了金门，认为金门没有什么工事。”（《叶飞回忆录》，解放军出版社1988年版，第598页）
第二，麻痹轻敌。由于进军福建作战十分顺利，以及攻击厦门的胜利，从而主观上产生轻敌麻痹的思想情绪。
第三，缺少渡海登陆的经验。对由大陆作战向海上作战的转变，以及渡海作战的困难认识不足，缺少渡海登陆的经验，只“以3个半团9000人进攻金门岛上之敌3万人，无援、无粮，被敌围攻，全军覆灭。”（《毛泽东军事文集》第6卷）
第四，缺乏作战的统一指挥。毛泽东认为，参加金门作战的“是3个不同建制的团，又无一个统一的指挥官，由3个团长各自为战。”（《毛泽东军事文集》第6卷）
金门战役失利的教训是极为沉痛的，它再次证明了毛泽东、朱德的名言：“战略上要鄙视敌人，战斗上则要小心谨慎”，“弱敌当做强敌打”。
叶飞在总结这一战役失利的教训时谈到：
第一，是船只不够，只能一次运载3个团，而这么少的这样宝贵船只
第二，就是违背了渡海登陆作战的规律。渡海登陆作战，无论你兵力多大，首先要夺取和巩固登陆滩头阵地，然后才可以向纵深发展……28军登陆，首先夺取了金门古宁头滩头阵地，这是对的；但是，第一梯队登陆部队没有立即构筑工事，巩固滩头阵地，后续第二梯队尚未到达，只以一个营兵力控制古宁头，就向纵深发展，又犯了违背渡海登陆作战的规律，犯了兵家大忌。
第三，第一梯队3个团的兵力登陆，竟然没有一名师指挥员随同登陆统一指挥。从宏观上看，攻金门失利的教训在于，在现代战争的条件下，没有制海权、制空权，要实行大规模渡海登陆作战是非常困难的。（《叶飞回忆录》，第606～608页）