9月25日，第10兵团完成了漳厦战役第一阶段的作战任务，解放了以漳州为中心的闽南大陆，共歼国民党军1.7万余人，厦门、金门国民党军暴露在解放军的攻击面前。28日，第28军主力到达厦门东北地区之石井集结。
9月26日，叶飞在泉州作战会议上提出了金厦同取、先金后厦、先厦后金3种方案。古往今来，军事上一直是金厦并称。因为两岛唇齿相依，相邻并列，扼台湾与大陆海上交通要冲，紧紧拱卫闽南大陆，是东南海防要地。
会上大家对3种方案一一作了分析。
第一是金厦同取。其利端是可造成国民党军指挥及兵力火力的分散，使其顾此失彼，可求全歼；但征集船只十分困难。
第二是先金后厦。这可形成对厦门的完全包围，暴露厦门的侧背防御弱点，便于我乘隙攻击；但厦门国民党军已有逃跑迹象，如先攻金门，厦门之敌极有可能逃跑而达不到全歼目的。
第三是先厦后金。其利端是当面之敌清楚，距离近，便于准备，攻击易于奏效；但一旦厦门攻下，金门之敌也可能逃跑，同样达不到全歼。
与会者点头称是。于是决定由第28军担任攻取金门，第29军和第31军担任攻取厦门的任务。
会后，叶飞立即深入部队，却发现第29军只有3个团用的船只，第31军和第29军差不多，而第28军只有1个多团用的船只。看到这种情况，叶飞的双眉紧紧地皱在一起。时不可待，怎么办？他经一番深思，决定改变原方案，而采取先厦后金的第三方案。10月7日，他将这一方案报告野司。野司首长复电：“如考虑条件比较成熟，则可同时发起攻击；否则是否以一部兵力（主要加强炮火封锁敌船阻援与载逃）牵制金门之敌，此案比较妥当……请你们依实情办理，自行决定之。”
叶飞分析说：“国民党军虽然在拼命作顽强固守，但也显露出恐慌动摇心理。汤恩伯总部后方和厦门补给司令部移到小金门，巡防处也从厦门移到金门总部，军级以上指挥机关移到军舰上办公，技术兵团等撤往台湾。种种迹象表明，汤恩伯口硬却心虚，并无坚守的信心和决心。”他挥动着拳头，坚定地说：“我们应趁敌士气瓦解之际，一鼓作气，同时进攻金厦两岛。”
叶飞下达作战命令：第31军及第29军攻取厦门。第28军攻取大、小嶝岛，并作攻金门准备。待攻占厦门后，再打金门。