祭告典礼只是一个必要仪式，大家齐集北平，主要还是为了开善后会议，而善后会议的议程之一，乃是会商东北问题。
蒋介石的幕僚、国民党元老李石曾在一年前提出过一个“分治合作”理论，主张在特定情况下，允许分立的地方政府在政治、军事、财政上保有自主地位。蒋介石又考虑到北伐军若出兵东北，日军必然又要像“济案”那样加以阻挠，于是便倾向于将“分治合作”理论运用于东北，这就有了改旗易帜。
改旗易帜简单说来就是将东北政府的五色旗改成国民政府的青天白日旗，以表示归顺中央，但实际仍处于半独立状态。在召开善后会议之前，蒋介石特派吴铁城等人到东北进行了改旗易帜的游说。
张作霖被暗杀后，张学良子继父业，出任东北保安总司令，从此开启了东北的张学良时代。张学良自知凭实力难以与北伐军抗衡，同时也认识到仅凭东北一隅无法抵抗日本人的入侵，只有通过中央政府才能有效地牵制日本，因此很快就接受了改旗易帜，并派代表到北平做进一步接洽。
有人认为，东北易帜乃中央与地方势力妥协的产物，是一种不成熟的国家统一。北伐军高层在对此展开讨论时，大家的意见也不一致。冯、阎和奉系之间有宿怨，同时又都有分割东北之心，两人便力主在东北辄失领导中心、士气涣散的情况下，继续向关外发动进攻。
与他们相反，新桂系的根据地位于南方，桂军也主要都是南方人，不耐严寒。李宗仁估计即使顺利拿下东北，他也沾不得多少光，那里必然是冯阎的天下，所以主张对东北停止用兵。
蒋介石早就打定主意要实行东北易帜，不过因为要在会上听取方方面面的意见，结果导致东北代表在北平待了十几天还没能得到接见。其间这些代表不但常收到恐吓信，还被人用言辞进行羞辱，感觉自己好像亡国奴一样，十分难堪。为了以退为进，他们放出风声，称如果再无说法，就将离开北平。
李宗仁听到后，即告之蒋介石，蒋介石于是顺势派员前去与东北代表晤谈。这样东北易帜的方案终于得以确定下来，以后奉军也就被改称为东北军。
东北问题虽然费了周折，但还不算过于棘手，最难的其实是善后会议的另一个议程，那就是裁兵。
至第二次北伐取得胜利，属于国民革命军方面的部队计有四个集团军和李济深的第八路军，约三百个师，合计兵额二百二十万以上。每年军费需八点七亿元，可是中央财政只能拨付二点一亿元，其中有将近六亿元的缺额。
浩繁的军费开支，足以令中央财政濒于崩溃。此前在上海召开的全国财政经济会议上，便有代表提交裁兵案，认为应先削减超过五分之一的军费，在压缩军费的基础上，达到减少兵额的目的。
诸侯们虽然都无法公开对裁兵表示反对，但他们的抵触情绪显而易见。时任第十一军军长的陈铭枢有意在投蒋后弃武从政，为此极力以裁兵主张游说各方。他跟李宗仁谈，李宗仁笑他是傻子，并且郑重地对他说：“当今治天下，非我们军人不可，‘长衫客’（指文官）是不行的。”
之后，陈铭枢又到北平见白崇禧。白崇禧与李宗仁一个鼻孔出气，而且其气焰之盛，甚至让陈铭枢都不敢当着他的面说出“裁兵”两个字。
蒋介石很清楚裁兵之难。早在举行祭告典礼的那一天，他就在即席讲话中强调“今日非裁兵无以救国”，先给众人打了一剂预防针。
7月11日，蒋介石在北平西郊汤山召集善后会议。他首先讲话，说了一通缩减军队，服从命令的大道理。他刚刚说完，李济深就站起来说：“若是天下为公，没有一个人反对。若是天下为私，一定有人反对。把别人全都消灭，留着自己的军队，这种不公平的办法，万万要不得。”
李济深是广西人，虽然他从严格意义上来讲并不属于新桂系，但却一直是新桂系的扶植者和同盟者。他的这一番含沙射影，显然是暗指蒋介石要以裁兵为借口，故意削弱其他诸侯包括新桂系的兵力，壮大自己的势力。
李济深还说：“像现在北伐的革命军队没有饷，反而派了许多人暗中去收编孙传芳、吴佩孚、张作霖、张宗昌等反革命的军队，这是顶不妥当的事。”这些话又是针对蒋介石射来的机枪子弹，因为蒋军里有好多是收编自北洋的“杂牌军”。蒋介石听得坐立不安，脸上一阵红一阵白。
善后会议没有制定详细的议事细则，更没有预定提出讨论的大政方针，形式上只是一个座谈会，蒋介石无法以主持者的身份硬性施压。他的那几位靠嘴巴吃饭的谋士幕僚，比如吴稚晖、戴季陶，赶紧拍马上阵，为自己的幕主帮腔掩饰。
虽然第一天有了一点交锋的火药味，但总体而言，气氛还是比较和谐的。因为是座谈会，大部分时间里，与会者都是在东拉西扯，不着边际地瞎侃一通，反正也没人追究对错和结果。吴稚晖最擅长此类插科打诨，他颇有些乐在其中似的说：“好在国民党惯于会而不议、议而不决，这样的会议当然无伤大雅。”
预计可能会比较紧张的善后会议开成了“神仙会”，会上和风细雨、融融一堂，会下社交饮宴、联络情感。