海南岛及舟山群岛解放以后，台湾成为蒋介石国民党唯一的存身之地，因此，蒋介石动用其一切政治、经济、军事和外交等各方面力量确保台湾。
由于我军受当时渡海作战条件的限制和后来国际形势变化的影响，没有能够及时解放台湾。
在第三野战军入闽之前，根据革命形势的变化，为了完成中央军委所赋予的各项任务及建设现代化的革命军队，统一和加强华东地区的军政领导，华东军区与第三野战军的领导机关于1949年7月合并（其名义仍保留）。同时，对野战部队的机构先后进行了较大调整：第七兵团兼浙江省军区，该兵团第二十三军拨归第九兵团建制，第三十五军全部地方化；第三兵团部撤销，大部与华东军政大学合并，组成新的华东军政大学（陈毅兼校长和政委），小部与第三十四军军部合并组成南京警备司令部（含第二十四和第二十五军），第二十六军拨归第九兵团建制：第九兵团第二十、第二十三、第二十六、第二十七军，准备执行解放台湾的任务（后参加抗美援朝战争），第三十、第三十三军调归淞沪警备司令部建制；第十兵团在福州市解放后，即兼福建省军区。
1950年1月3日，中央军委决定撤销第三野战军第三十和第三十五军番号，其成员拨归华东海军建制。8月撤销第三野战军前委，组成新的华东军区党委，以陈毅为第一书记，粟裕为第二书记，唐亮为第三书记。野战军部队全部归华东军区领导。11月，以第二十九军和第三十二军军部组建为铁道公安司令部。
在五大野战军存在期间，第三野战军是军建制单位最多的一个野战军，有16个建制军。随着新中国的建立和革命战争任务的完成，为了服从建设新中国和保卫新中国的需要，第三野战军部队发生了很大的变化。
1.第二十军
第二十军参加了解放上海的战役。上海解放后，担任警卫上海的任务。 1951年11月，第二十军入朝参加抗美援朝战争。在抗美援朝战争中，第二十军涌现出志愿军特级战斗英雄杨根思、卜广法和于潘宫、车树琴（女）、孙振禄、伍玉祥等英模。1952年10月，第二十军从朝鲜回国。
2.第二十一军
第二十一军参加了解放舟山的战役。舟山解放后，担任浙东、浙南和闽北地区的海防任务。1952年3月，第二十一军参加中国人民志愿军人朝作战。朝鲜停战后，参加支援朝鲜人民重建家园的工作。1958年8月回国。
3.第二十二军
第二十二军参加了解放舟山的战役之后，准备参加解放台湾的渡海作战。因朝鲜战争爆发，解放台湾的任务停了下来。朝鲜战争爆发不久，参加中国人民志愿军人朝作战。
4.第二十三军
参加解放舟山群岛的战役。舟山解放后，准备解放台湾。朝鲜战争爆发后，1952年9 月，第二十三军参加中国人民志愿军人朝作战。朝鲜停战后，第二十三军继续坚守“三八线”中线阵地，并帮助朝鲜人民医治战争创伤，重建家园。1958年3月撤回国内。
5.第二十四军
渡江战役后不久，该军暂归鄂豫皖边区联合剿匪指挥部指挥，进剿大别山地区土匪。1950年5月，南进浙西、闽北地区，担任修建上饶至杨州公路和剿匪任务。1952年9月，参加中国人民志愿军入朝作战。1955年10月回国。
6.第二十五军
上海解放后，该军进至皖南执行剿匪任务。1952年7月20日，中央军委决定第二十五军及第七十五师师部调归空军，第七十二师调归第二十二军，第七十四师调归第二十四军，第七十五师各团调归江苏军区，第二十五军番号撤销。
7.第二十六军
该军参加上海战役。上海解放后，担任警卫上海的任务。1950年1月，第三十军第八十八师改归第二十六军建制。是月，李耀文任该军政治委员，刘伟任政治部主任。尔后在上海浦东、崇明岛担任海防任务。1950年11月，第二十六军参加中国人民志愿军入朝参战。1952年6月从朝鲜撤回国内。
8.第二十七军
该军参加上海战役。上海解放后，担任上海市警备任务。1950年1月，第三十军第九十师调归第二十七军建制。1950年10月，第二十七军参加中国人民志愿军入朝作战。1952年10月奉命回国。
9.第二十八军
该军一部参加解放金门岛的战斗，战斗失利后于同年底，驻防福建前线，执行剿匪和守海防的任务。1952年5月，第二十八军归福建军区领导。
10.第二十九军
第二十九军一部参加攻打金门的战斗。1950年11月18日，第二十九军军部改编为军委铁道公安司令部。第八十五、第八十七师调归福建军区建制，第八十六师调归军委空军，番号取消。
11.第三十军
该军参加上海战役。上海解放后担任淞沪警备任务。1950年1月16日，华东军区决定第三十军军部调归海军，所属第八十八、第八十九、第九十师分别改隶第二十六、第二十、第二十七军建制，番号取消。
12.第三十一军
该军参加上海战役。上海战役结束后，进军福建，对解放福建省起了重要的作用。1950年5月11日，该军第九十一师在第九十四师的配合下，解放东山岛。1952年5月，归福建军区领导。
13.第三十二军
该军未参加渡江作战。在渡江作战发起后，该军在胶东军区第一零零旅的配合下，对青岛、即墨地区的国民党军队发起进攻，相继攻占即黑、青岛。接着，担任青岛市警备任务。1950年2月，第三十二军调归第十兵团指挥并由青岛南下福建，执行以剿匪为主的海防、警备和作战任务。同年11月，第三十二军番号撤销，军机关大部充实重建的第八兵团团部，第九十四师调归第二十七军建制，第九十五师调归军委空军，第九十六师调归福建军区建制。
14.第三十三军
该军参加了上海作战。上海解放后，担负吴淞、宝山、嘉定地区的警备任务。7月，第三十四军第一零零师归第三十三军建制。1950年11月，第三十二军奉命改编为华东公安部队兼淞沪警备司令部，第九十七、第九十八、第九十九、第一零零师依次改编为公安第十四、第十五、第十六、第十七师。该军番号撤销。
15.第三十四军
该军参加了渡江战役。南京解放后，进驻南京，担任警备南京的任务。1949年7月，军部兼南京警备司令部，袁仲贤任司令员兼政治委员，何以祥、何基沣分任第一、第二副司令员，张藩任副政治委员，饶子健任参谋长，王德贵任政治部主任。1950年1月，第三野战军教导师6 个团调归第三十四军兼南京军区警备司令部建制。同时，军机关一部组建华东军区航空处。11月，军机关及其余部队改编为华东公安第十三师。第三十四军番号撤销。
16.第三十五军
该军原是由鲁中南纵队和由济南战役中起义的吴化文部合编而成的。该军参加了渡江战役。之后，南下浙江金华地区执行剿匪任务。1949年9月，该军第一零三、第一零四、第一零五师分别兼衢州、绍兴军分区和杭州警备区。1950年1月，第三十五军番号撤销，军部及军属炮兵团调归华东海军。