而着手防御南京的一大前提就是仍在吴福线以及锡澄线上的中国军队应全力阻滞日军的西进，为南京的防御部署争取尽可能多的时间。但就在11月18日当天，日军已突破常熟以北李家桥及常熟以南昆城湖西岸的吴福线阵地，继续向虞山、莫城镇等吴福线后方据点进攻中。而此时苏州方面的中国军队主力业已全面西撤。
罗卓英和廖磊不得不向薛岳报告：“奉钧部命令，自应遵照办理，但本日午后，第44师右翼即被敌突破，并已深入兴福街东侧，第228旅及第32师本夜虽可到达增援，瘩充其恢复阵地，但因其兵力寡少，在现状下颇有困难，目下战况，深感可虑。即令抽调第60师，亦觉困难。此节应再请统筹此间局势，予以裁决。”
而鉴于至11月19日晚，柳川平助指挥下的日本陆军第10军已经攻占嘉兴，上海派遣军的第9师团占领苏州，第11师团派出的花谷支队攻占莫城镇，第16师团攻占常熟，并有一部乘20余艘军舰于福山登陆，故而在此情况下，当日14时，薛岳致函罗卓英、廖磊：“我吴县方面部队已陆续撤退，现留置有力部队于望亭附近，阻止敌人；本翼军放弃固守吴福阵地之计划，逐段撤退，以掩护锡澄线阵地之占领。”显然面对日军衔尾追击，身为右翼攻击军总指挥的薛岳最终不得不忍痛宣布放弃吴福国防线。
但是薛岳还是强调：“第15集团军、第21集团军可逐段转移，应继续迟滞敌人三日，至11月23日黄昏，不使敌人近锡澄线之前进阵地鸿山、安镇、向塘桥、乌龟山、闸山镇之线；两集团军转进后，仍按照命令，萧之楚第26军、刘和鼎第39军及60师留于锡澄线使用，其余第18军各部转进至宜兴待命，第21集团军各部转进至武进附近待命，为顾虑锡澄线作战，以后能掩护南京外围占领，已得顾副长官同意，务请主力照办，两集团军转移之部署及作战地境等，由罗、廖两总司令协定之。”可见薛岳并没有对战局彻底失去信心，他仍希望在锡澄线上刹住日本人的进攻势头。
但是就在薛岳命令部队向锡澄线转进的同时，蒋介石却已命令隶属于总预备队序列，先期由苏州地区退至无锡的第36师、第88师向南京转进，准备用以防守南京了。之所以调走第36师、第88师是因为在11月18日的会议上，已经确定下了固守南京的方针，故而最高统帅部便决定采取一系列的战略、战役措施，开始着手部署南京作战。
根据当时的态势，国民政府军事委员会判断日军进攻南京，定当以一部在海军配合下，沿京沪线进逼，以主力循京杭公路，采用迂回包抄的战术，围攻南京。
故而考虑到一旦南线刚刚夺取嘉兴并向南浔镇一线进攻的日军第10军主力在到达长兴后，必分兵攻击广德、宣城，循江南铁路，攻占芜湖，断绝南京守军的后路，并与京沪、京杭方面推进而来的上海派遣军、第10军一部夹击南京，因此，为巩固吴兴方面的战局，最高统帅部下令以新增援而来的桂系第7军先头部队在升山市至大钱镇一线占领阵地，同时以川军第144师、145师、146师、147师、148师，共计5个师集结广德、泗安、安吉一带地区，以为策应。
另以刚刚到达武进的第21集团军向宜兴、张渚镇转进。抽调京沪线的第88师、第36师，向南京方向撤退，以作巩固南京作战计。11月19日这天，就在苏州、常熟相继失守的时候，首都卫戍长官司令部在南京成立，唐生智任司令长官，罗卓英、刘兴任副司令长官，周斓任参谋长。战斗序列下辖孙元良的第72军、宋希濂的第78军、谷正伦的首都警备军。但是这支被国民政府视为最后防线的精锐之师此刻却只能留在南京开始构筑工事，坐等尚在百里之外的由于日军继续追击而疲惫、战斗力已接近枯竭的同僚。